Dẫn chứng về độ “phức tạp” của hệ thống thủ tục hành chính thuế, ông Lê Hoài Trung, Phó Giám đốc Sở Nội vụ,  phụ trách cải cách hành chính của TPHCM, cho biết: “Ngay cả tôi, khi khai thuế nhà đất cũng không khai nổi vì biểu mẫu có quá nhiều chi tiết phức tạp, trùng lắp. Trong từng biểu mẫu có nhiều từ chuyên môn khó hiểu, tờ khai chi chít chi tiết. Vì thế, nếu chỉ lo “bỏ bớt” các biểu mẫu mà không đơn giản hóa nội dung từng thủ tục thì cũng không đem lại thuận lợi cho người dân và doanh nghiệp (DN)”.

Bà Lê Thị Minh Chi, Giám đốc tài chính Công ty Robot, cho biết việc kê khai sổ sách chứng từ hiện trùng lắp, gây mất thời gian và khó khăn cho DN. Ngành thuế cũng chưa có hướng dẫn thời hạn lưu chứng từ (chẳng hạn loại chứng từ nào lưu 5 năm, loại nào lưu 10 năm...) dẫn đến tình trạng DN phải lưu kho chất đống chứng từ, thậm chí cả “cùi” giấy gửi xe 2.000 đồng/chiếc đã lưu 5 đến 7 năm qua mà không dám hủy. Ông Đinh Nam Dinh, Chủ nhiệm HTX Vận tải số 9 (TPHCM), than phiền thời gian hoàn thuế kéo dài quá lâu, vượt quá quy định. Nhiều trường hợp Chi cục Thuế đã hoàn tất hồ sơ hoàn thuế, chuyển lên Cục Thuế để ra quyết định nhưng không được giải quyết hoàn ngay mà còn bị “đòi” cung cấp thêm hồ sơ, chứng từ... Như trường hợp của HTX Vận tải số 9, lần nào hoàn thuế cũng phải photocopy giấy đăng ký xe, giấy chứng nhận chất lượng và đủ các loại giấy tờ khác. Tổng cộng tất cả giấy tờ, hồ sơ hoàn thuế đem cân thử đã nặng gần 20 kg.

Theo báo cáo của ngành thuế, hiện toàn ngành có 330 thủ tục hành chính. Trong đó có 5 thủ tục cấp tổng cục, 172 thủ tục cấp cục và 153 thủ tục cấp chi cục. Những thủ tục này được niêm yết công khai cho dân biết và thực hiện. Cán bộ thuế không được yêu cầu người dân, DN cung cấp bất kỳ giấy tờ và thủ tục nào khác ngoài danh mục. Tuy nhiên thực tế hiện nay, nhiều văn bản thủ tục không được thực hiện nhất quán tại các cục thuế tỉnh, thành, gây bất bình đẳng giữa các đối tượng nộp thuế tại các địa phương. Trước tình hình đó, luật sư Mai Trần, Tổng Giám đốc Công ty Kiểm toán M&H, cho rằng nên xây dựng từ điển giải thích thuật ngữ thuế để thống nhất cách hiểu, cách áp dụng tại các nơi.

Không chỉ thủ tục hành chính mà chính cán bộ thuế cũng góp phần “hành” người nộp thuế. Đa số DN phản ánh rằng vướng mắc chính là việc thực hiện thủ tục hành chính chứ không phải ở thủ tục. Thủ tục hành chính đã ban hành từ lâu, giờ cần hệ thống lại. Nhưng quan trọng nhất vẫn là cách hành xử của cán bộ thuế đối với các thủ tục đó và người nộp thuế.

Luật sư Trần Xoa, Giám đốc Công ty Luật TNHH Minh Đăng Quang, người có nhiều cơ hội cùng DN làm việc với cơ quan thuế, đơn cử một việc nhỏ là khi DN mới thành lập thì trong đơn xin mua hóa đơn tài chính lần đầu đã nói rõ tình hình sử dụng hóa đơn, vậy mà khi làm đơn mua lần thứ 2, thứ 3, cán bộ thuế vẫn yêu cầu báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn trong khi Phòng Tuyên truyền và Hỗ trợ người nộp thuế của Cục Thuế khẳng định là không cần báo cáo. Đến Chi cục Thuế làm thủ tục sẽ thấy  thái độ của cán bộ thuế “căng thẳng” lắm. Nhiều ý kiến khác cho rằng muốn cải cách hành chính, đơn giản hóa thủ tục thuế thì trước tiên ngành thuế nên tìm hiểu xem DN khai nộp thuế đang phải làm gì để được nộp thuế, hoàn thuế. Chúng ta cứ vận động, hô hào nhưng chưa quản lý được cách hành xử của cán bộ thuế. Và, nếu được, ngành thuế nên xây dựng bộ quy tắc chuẩn mực ứng xử để cán bộ thuế dựa vào đó mà thực hiện.