Nhận thức được rằng đầu tư cho khoa học công nghệ (KHCN) là đầu tư mang lại lợi nhuận cao nhất, nhanh nhất và hiệu quả nhất, Đảng và Nhà nước ta đã và đang quan tâm đến KHCN. Trong nông nghiệp, chủ trương này được thể hiện ở nhiều Nghị quyết của Đảng, Quốc hội, các Quyết định của Thủ tướng Chính phủ... Nhờ vậy, ngành Nông nghiệp đã có cơ hội xây dựng tiềm lực KHCN với hàng chục Viện nghiên cứu chuyên ngành, đội ngũ nhiều nhà khoa học trình độ cao, đủ sức tiếp cận những công nghệ cao và mới nhất của thế giới. Chính lực lượng này đã góp phần quan trọng tạo nên những biến đổi kỳ diệu của nông nghiệp nước nhà trong 20 năm đổi mới, đưa Việt Nam từ nước nhập khẩu lương thực thành nước xuất khẩu hàng đầu về gạo, cà phê, cao su, hạt điều, hồ tiêu, chè.... Tuy nhiên, do nhiều nguyên nhân chủ quan và khách quan, KHCN nông nghiệp của nước ta chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển của ngành, của tiến trình hội nhập khu vực và quốc tế. Tốc độ phát triển nông nghiệp đang có xu hướng chững lại. Do vậy, để KHCN thực sự là động lực chính của phát triển kinh tế, chúng ta cần phải đổi mới cơ chế quản lý khoa học mà trước hết là tổ chức lại hệ thống nghiên cứu.

Theo định hướng trên, ngày 9/9/2005 Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 930/QĐ-TTg phê duyệt đề án sắp xếp hệ thống tổ chức khoa học thuộc Bộ NN-PTNT và quyết định thành lập Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam (VAAS)... Viện được hình thành trên cơ sở 10 đơn vị thành viên (các Viện: Di truyền Nông nghiệp, Thổ nhưỡng nông hóa, Bảo vệ thực vật, Cây lương thực và cây thực phẩm, Nghiên cứu rau quả, Nghiên cứu Ngô, Khoa học kỹ thuật Nông lâm nghiệp miền núi phía Bắc, Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Bắc Trung Bộ, Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp duyên hải Nam Trung Bộ và Trung tâm Tài nguyên thực vật).Viện có 5 Giáo sư, 24 Phó giáo sư, 142 Tiến sỹ và Tiến sĩ khoa học, 303 Thạc sỹ và 911 cán bộ có trình độ đại học trong tổng số 1.765 biên chế. Đến năm 2008, Viện sẽ có thêm 4 đơn vị thành viên nữa...

Việc thành lập Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam thực sự là một bước tiến mang tính quyết định trong việc nâng cao hiệu quả nghiên cứu khoa học thông qua tập trung trí tuệ, cơ sở vật chất và trang thiết bị nhằm giải quyết những vấn đề lớn mà thực tiễn sản xuất nông nghiệp đang đặt ra; tăng cường hợp tác trong nghiên cứu, chuyển giao, đồng thời góp phần khắc phục tình trạng dàn trải, chồng chéo, gây lãng phí trong đầu tư của Nhà nước. Để đáp ứng yêu cầu của tiến trình CNH - HĐH nông nghiệp nông thôn, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam sẽ tập trung mọi nguồn lực để góp phần thực hiện hiệu quả Nghị quyết Đại hội X của Đảng cũng như Chương trình hành động thực hiện Nghị quyết Đại hội của Bộ NN-PTNT là "Xây dựng một nền nông nghiệp hàng hóa mạnh, đa dạng và bền vững dựa trên cơ sở phát huy các lợi thế so sánh; áp dụng khoa học công nghệ, làm ra sản phẩm có chất lượng cao, đáp ứng nhu cầu đa dạng trong nước và tăng khả năng cạnh tranh, chiếm lĩnh thị trường quốc tế; nâng cao hiệu quả sử dụng đất đai, lao động và nguồn vốn; tăng nhanh thu nhập và đời sống của nông dân; xây dựng nông thôn ngày càng giàu đẹp". Căn cứ mục tiêu chung này, Viện Khoa học Nông nghiệp sẽ tập trung vào 3 nội dung chính sau đây: (1) Nghiên cứu góp phần đảm bảo an ninh lương thực quốc gia, an ninh lương thực cấp hộ gia đình, tiến tới an ninh dinh dưỡng và vệ sinh an toàn thực phẩm; (2) Nghiên cứu giải pháp khoa học công nghệ để phát triển sản phẩm xuất khẩu chủ lực, có sức cạnh tranh cao trên thị trường trong nước và quốc tế, kể cả năng lực cạnh tranh về giá và chất lượng nông sản; (3) Nghiên cứu giải pháp khoa học công nghệ để nâng cao hiệu quả sản xuất trên một đơn vị diện tích, cải thiện thu nhập của hộ nông dân.

Ông Nguyễn Văn Bộ - Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam:

"Hiệu quả của nghiên cứu chỉ được chứng minh trong sản xuất, được nông dân đón nhận, do vậy Viện sẽ chủ động phối hợp chặt chẽ với hệ thống khuyến nông. Sự kết hợp này không chỉ để chuyển giao nhanh hơn kết quả nghiên cứu vào sản xuất mà còn tạo điều kiện tiếp thu nhu cầu của thực tiễn nhằm điều chỉnh kế hoạch nghiên cứu phù hợp. Ngoài ra, việc phát hiện, thu thập, đánh giá và chọn lọc các giống, kỹ thuật mới do nông dân phát triển cũng sẽ được quan tâm, coi đây là nguồn tiến bộ kỹ thuật bổ sung quan trọng".

Viện KHNN Việt Nam đang đứng trước cơ hội mới để nâng cấp cơ sở hạ tầng, đầu tư cho nghiên cứu tổng hợp, giải quyết các vấn đề lớn của nông nghiệp; song Viện cũng đứng trước nhiều thách thức do cán bộ trình độ cao ngày càng giảm, chiến lược nghiên cứu trong mối quan hệ với hội nhập chưa được xác định một cách rõ ràng. Thêm nữa, cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm làm sao phải hài hòa được với tập trung đầu mối để không làm giảm đi tính sáng tạo của các nhà khoa học, để khoa học tiếp tục phát triển... Giải quyết được những vấn đề đó thì Viện KHNN Việt Nam vững mạnh và tạo cơ hội cho ngành nông nghiệp của nước ta phát triển, cạnh tranh và hội nhập.