Theo Bộ NN&PTNT, nhìn chung các chính sách nông nghiệp của Việt Nam là phù hợp với thông lệ WTO, ngoại trừ một số nhỏ các chính sách hỗ trợ trong nước và trợ cấp xuất khẩu. Trong thời gian tới, việc đổi mới chính sách nông nghiệp cần được cân nhắc một cách tổng thể, có tính đến các yếu tố tự do hoá khu vực, các cam kết hợp tác khu vực mà Việt Nam đang tham gia như AFTA, Hiệp định thương mại tự do ASEAN-Trung Quốc và các cam kết còn đang đàm phán như ASEAN- Ấn Độ, ASEAN-Nhật Bản, ASEAN-Hàn Quốc, ASEAN-Úc và ASEAN-Niudilân.

Về chính sách thuế:

Việt Nam sẽ phân loại năng lực cạnh tranh cho từng ngành nông sản và xây dựng lộ trình giảm thuế phù hợp. Một mặt, cam kết lộ trình giảm thuế mạnh đối với những mặt hàng Việt Nam có khả năng cạnh tranh cao và đã có năng lực xuất khẩu như gạo, cà phê. Mặt khác cam kết lộ trình giảm thuế chậm hơn, nhằm bảo hộ có thời hạn đối với 1 số mặt hàng như cao su, đồ gỗ lâm sản và lâm sản chế biến...

Về biện pháp phi thuế:

Sẽ xây dựng một cơ chế quản lý mặt hàng nông nghiệp thông thoáng, minh bạch, đúng quy định WTO dựa trên cơ sở tiêu chuẩn chất lượng, cho phép tự do nhập khẩu hàng chất lượng tốt. Những mặt hàng tiêu chuẩn kém, ảnh hưởng an toàn vệ sinh sẽ bị kiểm soát chặt chẽ khi nhập khẩu.

Hỗ trợ trong nước

Đưa ra lộ trình kiến nghị với Chính phủ để điều chỉnh:

Chính sách hộp xanh: Tăng cường hỗ trợ nghiên cứu khoa học, khuyến nông, đào tạo, kiểm soát dịch bệnh...

Chính sách hộp đỏ: xây dựng lộ trình giảm dần, chỉ sử dụng trong những trường hợp rất đặc biệt.

Trợ cấp xuất khẩu

Mức trợ cấp xuất khẩu của nước ta rất nhỏ. Việt Nam đã cam kết loại bỏ trợ cấp xuất khẩu ngay khi gia nhập WTO.  Trong khuôn khổ Hiệp định Nông nghiệp của WTO, Việt Nam đang bảo lưu hai hình thức trợ cấp xuất khẩu WTO cho phép các nước đang phát triển được áp dụng là: (i) trợ cấp để giảm chi phí tiếp thị, kể cả chi phí xử lý, nâng cấp, tái chế sản phẩm, chi phí vận tải quốc tế, cước phí vận chuyển và (ii) ưu đãi về cước phí vận tải trong nước và quốc tế đối với hàng xuất khẩu hơn hàng nội địa. Những hình thức trợ cấp cho doanh nghiệp thông qua các chương trình xúc tiến thương mại, tạo điều kiện doanh nghiệp đi tìm hiểu thị trường nước ngoài, quảng bá thương hiệu và sản phẩm nông sản ở thị trường nước ngoài và  trợ cước cho các doanh nghiệp xuất khẩu là những biện pháp có thể sử dụng sau khi Việt Nam gia nhập WTO.