Mặc dù có tốc độ tăng trưởng nhanh, song do chất lượng hàng nông, lâm sản xuất khẩu của Việt Nam còn thấp, nên khả năng cạnh tranh của nhóm mặt hàng này yếu so với các mặt hàng cùng loại của các nước trong khu vực.
Theo Bộ NN&PTNT, trong 325 tiêu chuẩn về chất lượng nông, lâm sản Việt Nam, chỉ có 30,8% tiêu chuẩn ngành hài hòa với các tiêu chuẩn quốc tế và khu vực. Trong đó, hầu hết mặt hàng nông, lâm sản chất lượng không đồng đều và thiếu ổn định. Cụ thể, đối với sản phẩm công nghiệp rừng, tiêu chuẩn ngành chỉ đạt 27%; cơ điện nông nghiệp đạt 32%. Riêng đối với lĩnh vực ngành nghề nông thôn, đến nay, vẫn chưa có tiêu chuẩn nào được xây dựng. Không những thế, tình trạng sản xuất manh mún, yếu kém trong khâu chế biến, bảo quản sau thu hoạch cũng khiến chất lượng sản phẩm nông, lâm sản đạt thấp. Theo thống kê, bình quân diện tích đất nông nghiệp chỉ đạt khoảng 0,7 ha/hộ sản xuất. Quy mô sản xuất nhỏ, khiến thu nhập từ sản xuất nông nghiệp của người dân còn quá thấp so với mặt bằng chung, khó có điều kiện để đầu tư phát triển sản xuất, nhất là trong bối cảnh giá cả đầu vào vật tư nguyên liệu ngày càng tăng.
Một vấn đề nổi cộm hiện nay là tình trạng bất cập trong quy hoạch nông nghiệp (chưa có quy hoạch đầy đủ, hoặc đã có quy hoạch thì lại yếu kém trong khâu tổ chức, quản lý). Do đó, các loại hình kinh tế trang trại, kinh tế tư nhân, các cơ sở sản xuất hình thành một cách tự phát, manh mún. Đang xuất hiện sự mâu thuẫn trong quy hoạch nông nghiệp, đó là vùng nguyên liệu ở một số địa phương đã phát triển một cách tràn lan, gây mất cân đối nghiêm trọng giữa sản xuất và tiêu thụ.
Không chỉ hạn chế về chất lượng, việc xuất khẩu quá nhiều một ngành hàng chủ lực cũng đang phát sinh những bất cập. Nhiều tiềm năng lợi thế không được quan tâm đầu tư, dẫn đến sự lãng phí không đáng có. Không những thế, còn tiềm ẩn nhiều yếu tố bất lợi (như bị đối tác ép giá, các doanh nghiệp cạnh tranh thiếu lành mạnh…). Đơn cử, với ngành hàng rau quả, diện tích rau quả toàn quốc chỉ đạt xấp xỉ 1,5 triệu ha (chiếm 15% diện tích sản xuất nông nghiệp), tổng sản lượng đạt 6 triệu tấn/năm, nhưng xuất khẩu chỉ đạt trên 200 triệu USD. Hoặc như đối với ngành chè, tình trạng doanh nghiệp xuất khẩu quá chú trọng vào một thị trường đã đẩy giá chè giảm mạnh, trong khi nhiều thị trường xuất khẩu quan trọng lại bị để trống.
Vì vậy, để nâng giá trị gia tăng cho hàng nông, lâm sản, yêu cầu cấp thiết là phải nâng cao chất lượng sản phẩm, nhằm tăng năng lực cạnh tranh cho nhóm mặt hàng này trên thị trường quốc tế. Vấn đề đặt ra là phải tổ chức lại sản xuất, khắc phục tình trạng manh mún, nhỏ lẻ, đồng thời điều chỉnh cơ cấu một số mặt hàng nông, lâm sản xuất khẩu