Vừa phải đầu tư để tự kiểm soát toàn bộ quá trình sản xuất và sản phẩm, DN thủy sản vừa phải chịu toàn bộ chi phí cho các hoạt động của cơ quan thẩm quyền nhà nước trong kiểm tra điều kiện sản xuất của DN và kiểm tra các lô hàng trước khi XK. Các chi phí này hiện nay đã lên đến mức quá cao, khoảng trên dưới 1.000 USD cho mỗi lô hàng, vượt quá khả năng chịu đựng của DN. Vì vậy, mới đây, VASEP đã đề nghị Thủ tướng Chính phủ sớm quy định rõ trách nhiệm của DN và các cơ quan nhà nước trong công tác đảm bảo chất lượng VSATTP. Đồng thời, đề nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính sớm xây dựng lại các quy định về lấy mẫu, thu phí và lệ phí kiểm tra, kiểm soát VSATTP theo mức hợp lý và thực tế hơn. Trong đó cơ quan thẩm quyền của Chính phủ chỉ thu phí kiểm tra các lô hàng trước khi XK và tiêu thụ nội địa căn cứ trên các chỉ tiêu đã kiểm nghiệm, chấm dứt việc thu phí theo đầu tấn rất bất hợp lý như hiện nay.
Một thực tế đã kéo dài từ lâu là việc các sản phẩm thuỷ sản XK bị cơ quan thẩm quyền nước ngoài phát hiện bị nhiễm dư lượng hoá chất và kháng sinh bị cấm. Kéo theo đó, các DN cũng đang phải gánh chịu hậu quả và những thiệt hại rất nặng nề (cả về tài chính và uy tín). Vì vậy, nâng cao năng lực kiểm soát chất lượng thuỷ sản là một điều kiện đặt ra cấp bách. Một vấn đề được đặt ra là cần có chính sách hỗ trợ cho các DN và tổ chức quốc tế phát triển mạnh hệ thống các tổ chức tư nhân độc lập đánh giá, công nhận hợp chuẩn, xây dựng các phòng thí nghiệm đạt chuẩn quốc tế để giảm bớt tải trọng và chi phí cho DN.
VASEP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ thống nhất chủ trương và chỉ đạo việc xây dựng đề án tăng cường NK nguyên liệu phục vụ chế biến tái xuất và tiêu thụ nội địa với hệ thống các chính sách hỗ trợ thích hợp, nhằm phát huy nhanh và bền vững lợi thế của VN trong lĩnh vực chế biến thuỷ sản và tăng hiệu quả đầu tư xã hội. Bên cạnh đó, cần xem xét sớm việc điều chỉnh lộ trình cắt giảm thuế NK nguyên liệu thuỷ sản xuống 0%, tạo điều kiện để hút mạnh luồng nguyên liệu từ các nước trên thế giới.
Một vấn đề nan giải của ngành thuỷ sản hiện nay là tính tự phát trong hoạt động nuôi trồng thuỷ sản. Giải pháp tối ưu là cần xem xét ban hành những biện pháp cụ thể để khuyến khích, hỗ trợ hữu hiệu và đảm bảo quyền lợi cho các DN dân doanh đầu tư thiết lập các mối liên kết theo chiều dọc xuyên suốt chuỗi sản xuất ra sản phẩm với cộng đồng nông ngư dân, tạo ra sản lượng hàng hoá lớn chất lượng cao, gắn với tiêu chuẩn quốc tế và thương hiệu.
Cần có cơ chế và tăng cường đầu tư tài chính để mở rộng các chương trình quốc gia về phát triển giống nuôi chất lượng cao, giám sát chất lượng nguồn nước, kiểm soát ô nhiễm, cảnh báo ô nhiễm và dịch bệnh, công nhận và công bố các thuỷ vực đủ điều kiện an toàn môi trường để nuôi trồng thuỷ sản, giúp nông ngư dân giảm thiệt hại do ô nhiễm môi trường. Sớm nghiên cứu cơ chế phát triển hệ thống bảo hiểm nuôi trồng thuỷ sản, khuyến khích các ngân hàng và Cty bảo hiểm tham gia lĩnh vực quan trọng này.