NSNN và ngân sách địa phương sẽ hỗ trợ cho các DN này để thanh toán các khoản nợ đọng thuỷ lợi phí và lỗ phát sinh trước ngày 31/12/2007.

Bộ Tài chính cho biết, tuỳ theo khả năng cân đối của ngân sách Nhà nước, việc hỗ trợ có thể được thực hiện trong hai năm: 2008-2009. 

Tuy nhiên, các công ty quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi, căn cứ vào khoản nợ đọng thuỷ lợi phí của các đối tượng sử dụng nước đến hết năm 2007, cần phân loại nguyên nhân gây nợ đọng thuỷ lợi phí, như do khó khăn về kinh tế; do chây ỳ; nợ miễn thu thuỷ lợi phí đã được UBND tỉnh, thành quyết định miễn giảm nhưng chưa cấp cho các công ty quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi và nợ do nguyên nhân khác.

Từ đó, các cơ quan liên quan như Bộ Tài chính, Bộ NN-PTNT sẽ kiểm tra xác nhận nguyên nhân nợ và quyết định mức hỗ trợ. Đối với các trường hợp chây ỳ, cố tình không chịu nộp thuỷ lợi phí, Bộ Tài chính yêu cầu các công ty quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi tìm mọi biện pháp thu hồi nợ, kể cả biện pháp cưỡng chế. 

Riêng đối với khoản lỗ do nguyên nhân chủ quan, công ty quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi phải xác định trách nhiệm của các tập thể, cá nhân có liên quan để yêu cầu bồi thường. Đối với số lỗ còn lại, các công ty phải tự kiểm điểm xác nhận nguyên nhân lỗ, lập hồ sơ đề nghị hỗ trợ bù lỗ báo cáo cơ quan có thẩm quyền xem xét, quyết định.

Thông tư số 26/2008/TT-BTC của Bộ Tài chính cũng nêu rõ, sẽ miễn thuỷ lợi phí cho các hộ gia đình, cá nhân có đất, mặt nước dùng vào sản xuất nông nghiệp trong hạn mức giao đất nông nghiệp và diện tích đất, mặt nước dùng vào sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thuỷ sản và làm muối của các hộ gia đình, cá nhân trên địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn và đặc biệt khó khăn.