Theo bà Trần Thị Thu Nga, Phó Giám đốc Sở Thủy sản: Bến Tre hiện có khoảng 70% tàu đánh bắt xa bờ (trên 700 chiếc), phải nằm bờ, do chi phí đi biển tăng thêm 50 triệu đồng/ chuyến, trong khi năng suất khai thác giảm từ 35 - 40%. Nguyên nhân làm giảm năng suất là do giá xăng dầu tăng cao nên tàu không bám biển dài ngày, ngư trường hoạt động bị thu hẹp, sản lượng đánh bắt không cao. Ngư dân mong sớm được Chính phủ hỗ trợ như Quyết định 289/QĐ- TTg, ban hành ngày 18/3/2008, về "Một số chính sách hỗ trợ đồng bào dân tộc thiểu số, hộ thuộc diện chính sách, hộ nghèo, hộ cận nghèo và ngư dân". Tuy nhiên theo bà Nga, đến nay vẫn chưa có văn bản hướng dẫn thực hiện Quyết định này.
Không riêng gì khai thác thủy sản mà nghề nuôi trồng thủy sản cũng gặp không ít khó khăn. Đối với tôm sú, do đầu vào tăng nên giá thành sản phẩm tăng 18%, trong khi giá bán giảm 31% loại 30 con/kg và giảm 40% loại 40 con/kg. Đối với cá tra, giá thức ăn tăng 21% làm giá thành tăng thêm 12%, trong khi giá bán giảm hơn 21%. Tình hình trên đã làm cho nghề nuôi thủy sản trong năm 2008 gặp nhiều thách thức. Để đối phó, trước mắt, Sở Thủy sản hướng người dân vào các đối tượng nuôi mới như: tôm thẻ chân trắng, cá chình, cá bống mú...chi phí đầu tư ít và cũng ít dịch bệnh, tiệu thụ cả thị thường trong nước và xuất khẩu.
Xuất khẩu thủy sản ở Bến Tre đang phải đối mặt với một số khó khăn mới...Hiện nay, thị trường EU chiếm 78% thị phần xuất khẩu thủy sản của Bến Tre, còn lại là thị trường Mỹ, Nhật và các nước khác. Tuy nhiên, gần đây thị trường thanh toán bằng đồng EURO, do không bị giảm giá như USD, nên có rất nhiều doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản của các nước đổ xô vào. Từ đó, phía doanh nghiệp Châu Âu giở mánh bắt chẹt, đòi giảm giá, giảm thị phần, nếu không họ sẽ mua hàng của các nước khác. Đây là bài toán khó cho Bến Tre đối với xuất khẩu thủy sản sang thị trường EU trong thời gian tới. Mặt khác, các doanh nghiệp chế biến thủy sản trong tỉnh đang chịu áp lực của công nhân đòi tăng lương, tăng định mức lao động, vì giá cả sinh hoạt đang tăng, nếu không đáp ứng họ nghỉ việc chuyển sang doanh nghiệp ngoài tỉnh ( thực tế đã có một số công nhân chế biến thủy sản chuyển sang nơi có thu nhập cao hơn ). Đây cũng là bài toán khó cho doanh nghiệp chế biến thủy sản, vì khó có thể tăng lương trong lúc khó khăn này...
Trước tình hình trên, Sở Thủy sản đã đưa ra một số giải pháp nhưng không mấy khả thi và có tác dụng ngay trong quí 2/2008, thậm chí trong năm nay. Đó là chính sách trợ giá cho ngư dân; khuyến khích sản xuất trong nước thức ăn, hóa chất, chế phẩm vi sinh...phục vụ nuôi trồng thủy sản ( trừ hóa chất, thức ăn thủy sản, chế phẩm vi sinh...đã được sản xuất trong nước nhưng do nguyên liệu nhập ngoại nên giá thành phẩm vẫn cao); tránh bị các doanh nghiệp nước ngoài ép giá (rất khó); đầu tư chương trình nghiên cứu sản xuất giống cho các doanh nghiệp, kể cả nông dân, để họ trực tiếp sản xuất con giống (chủ yếu là giống thủy sản: tôm sú, tôm càng xanh, cá nước ngọt...,mục đích là giảm giá thành nhưng nông dân thì làm sao có đủ vốn liếng, phương tiện kỹ thuật, trình độ để sản xuất và kiểm tra, đánh giá chất lượng con giống. Nếu con giống không tốt thì người nuôi chịu nhiều rủi ro... )./.