Thanh long được tiêu thụ chủ yếu tại thị trường châu Á (chiếm tỷ trọng trên 80%), nhiều nhất là Đài Loan, kế tiếp là Hồng Kông, Thái Lan, Malaysia, Singapore, Trung Quốc... Riêng thị trường Trung Quốc, đây là thị trường tiêu thụ rất lớn thanh long Việt Nam, tuy nhiên lượng xuất khẩu trực tiếp rất thấp do phương thức mua bán biên giới, không thống kê được số lượng và kim ngạch. Thị trường châu Âu chiếm tỷ trọng 15-17%, trong đó chủ yếu xuất sang Hà Lan.

Đối với thị trường Hoa Kỳ, chiếu xạ tiệt trùng là một trong các yêu cầu bắt buộc để thanh long được nhập khẩu. Tuy nhiên, từ cuối năm 2008 đến nay do nhà máy chiếu xạ của Công ty Cổ phần chế biến thủy sản Sơn Sơn bị trục trặc, không thể chiếu xạ thanh long được do đó chưa có lô hàng thanh long nào xuất khẩu vào thị trường này.

Đối với thị trường Đài Loan, mặc dù khách hàng có nhu cầu rất lớn nhưng hàng của Việt Nan không vào được do lệnh cấm nhập khẩu thanh long VIệt Nam vào thị trường Đài Loan được áp dụng kể từ 1/3/2009 nếu như sản phẩm không được xử lý nhiệt trước khi xuất khẩu. Các thị trường khác, nhìn chung tình hình xuất khẩu vẫn bình thường, tuy nhiên do sản lượng thu hoạch giảm, giá trong nước tăng cao nên một số khách hàng không chấp nhận do đó số lượng xuất khẩu thanh long trong quý I/2009 giảm so với cùng kỳ.

Để khắc phục tình trạng trên, UBND tỉnh Bình Thuận đề ra một số biện pháp khắc phục trong việc xử lý kiểm dịch thanh long bằng chiếu xạ đang được áp dụng hiện hành và quy trình thu hoạch- vận chuyển hiện nay: chiếu xạ là một trong các yêu cầu bắt buộc để sản phẩm được nhập khẩu vào thị trường Hoa Kỳ nhưng do ở Việt Nam hiện nay chỉ mới có nhà máy chiếu xạ của Công ty Cổ phần chế biến thủy sản Sơn Sơn được phía Hoa Kỳ chỉ định nên yêu cầu cấp bách tại địa bàn tỉnh Bình Thuận là cần phải đầu tư gấp một nhà máy để xử lý chiếu xạ thanh long và các sản phẩm hàng hóa khác. Mặc khác, cần có đề tài nghiên cứu khoa học cấp quốc gia về cường độ chiếu xạ áp dụng trên trái thanh long để vừa đảm bảo điều kiện vệ sinh an toàn thực phẩm, chất lượng sản phẩm sau khi chiếu xạ để không ảnh hưởng đến khâu bảo quản - tiêu thụ sản phẩm.

Hiện nay, Đài Loan vẫn đang tiếp tục yêu cầu phía Việt Nam phải xử lý nhiệt hoặc chiếu xạ sản phẩm trước khi xuất khẩu vào thị trường Đài Loan, vì vậy, hai bên cần đàm phán để vượt rào cản kỹ thuật bằng phương pháp chiếu xạ hoặc xử lý nhiệt đến thời điểm thích hợp theo hướng sản phẩm đã được sản xuất theo quy trình an toàn VietGAP, EurepGAP và GlobalGAP và đã triển khai các biện pháp để phòng ngừa ruồi đục trái thanh long.

Tại cuộc họp, Thứ trưởng Nguyễn Thành Biên chia sẻ những khó khăn về xuất khẩu thanh long ra thị trường nước ngoài của tỉnh Bình Thuận và đưa ra nhiều phương án và hướng cụ thể để khắc phục tình trạng trên. Thứ trưởng đề nghị Bình Thuận nên đầu tư quảng bá rộng rãi trên những phương tiện thông tin đại chúng trong và ngoài nước về lợi ích của trái thanh long nhằm tạo điều kiện thuận lợi, mở rộng xuất khẩu ra thị trường nước ngoài.