Các cơ quan chức năng chưa chẩn đoán được nguyên nhân gây bệnh. Nhiều doanh nghiệp đã "cầu cứu" Hiệp hội Thanh long Bình Thuận, Sở NN & PTNT nhưng hơn một tháng qua vẫn chưa có kết quả. Theo Chi cục trưởng Chi cục Bảo vệ thực vật Bình Thuận, đây là lần đầu tiên bệnh lạ này xuất hiện trên cây thanh long. Kết quả phân tích mẫu bệnh phẩm của Trung tâm Kiểm dịch thực vật sau nhập khẩu II, thành phố Hồ Chí Minh, chỉ thấy khuẩn Gram+ chưa định danh và nấm Mucor, nhưng theo Trung tâm này thì khuẩn Gram+  không gây hại cho cây trồng. Các cơ quan chuyên môn đang xét nghiệm để đi đến kết luận chính xác và đề ra phương pháp khắc phục.