Nguyên nhân chính là do giá thức ăn chăn nuôi vẫn ở mức cao, trong khi giá sản phẩm giảm. Ngoài ra, trong khi các doanh nghiệp chế biến cá tra đã tiếp cận được nguồn vốn vay hỗ trợ lãi suất, nhưng phần lớn người nuôi cá tra lại khó tiếp cận nguồn vốn này. Cục Nuôi trồng Thủy sản đang đề nghị Nhà nước khoanh nợ, giãn nợ cho người nuôi cá tra  thua lỗ trong hai năm qua; đồng thời, giảm bớt thủ tục cho vay để các hộ nuôi cá vay vốn. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đang soạn thảo chính sách hỗ trợ rủi ro cho nuôi trồng thủy sản để kịp ban hành trong năm 2009. Trước mắt, bộ đề nghị các địa phương hỗ trợ kịp thời cho người nuôi, tháo gỡ bài toán "đói nguyên liệu" cho doanh nghiệp.