Trong đó, việc miễn, giảm thuế tài nguyên được thực hiện đối với tổ chức, cá nhân hoạt động khai thác thủy sản ở vùng biển xa bờ bằng phương tiện có công suất lớn (từ 90 mã lực trở lên) được miễn thuế tài nguyên trong năm năm đầu kể từ khi được cấp giấy phép khai thác và giảm 50% trong năm năm tiếp theo; miễn thuế tài nguyên đối với tổ chức, cá nhân, hộ gia đình hoạt động đánh bắt hải sản, sản xuất muối chưa qua chế biến cho năm 2009 và đến hết năm 2010; miễn thuế tài nguyên đối với nước thiên nhiên dùng vào sản xuất thủy điện không đủ điều kiện hòa vào mạng lưới điện quốc gia; tổ chức, cá nhân khai thác đất sử dụng được miễn thuế tài nguyên.

Thông tư có hiệu lực sau 45 ngày kể từ ngày ký và được áp dụng từ kỳ quyết toán thuế tài nguyên năm 2009.