Sơ kết công tác thanh kiểm tra phân bón năm 2009 khu vực Nam Bộ (32 tỉnh từ Đà Nẵng đến Cà Mau), Thứ trưởng Bổng cho rằng có nhiều nguyên nhân gây thiệt hại cho nông dân khi mua và sử dụng phân bón.

Trong đó nguyên nhân thứ nhất là giá mua phân bón của nông dân bị đội lên 30% do qua hệ thống các đại lý phân phối cấp 1, 2, 3. Ví dụ như ở An Giang, 50% nông dân mua ở đại lý cấp 3; 40% mua tại đại lý cấp 2, chỉ có 10% mua trực tiếp ở đại lý cấp 1. Tỉnh này có khoảng 1.300 đại lý. Lý do nông dân mua đại lý cấp 3 là họ được mua chịu.

Để giải quyết tình trạng này, Thứ trưởng cho rằng phải triển khai một số biện pháp thí điểm trong thời gian tới. Ví dụ như lập hợp tác xã dịch vụ cung ứng thay cho đại lý cấp 2, 3. Các doanh nghiệp lớn xây dựng đại lý trực tiếp. Nhà nước cũng hỗ trợ vốn cho nông dân sản xuất và làm thế nào để nông dân sử dụng vốn đúng mục đích.

Nguyên nhân thứ 2, theo ông Bổng, giá bán tùy tiện, chêch lệch giá giữa các nơi bán lý do là do sự kiểm soát chưa chặt chẽ của cơ quan chức năng. Điển hình như nông dân An Giang thường qua Đồng Tháp mua phân bón mặc dù cùng công ty, cùng giá trị. "Do vậy cần thiết lập hệ thống thông tin giá, có thể đưa lên các trang thông tin điện tử (website); niêm yết giá, giao quản lý cho cấp xã...", Thứ trưởng nói.

Chất lượng phân bón không đúng như công bố, là nguyên nhân thứ 3 gây thiệt hại cho nông dân. Theo báo cáo của Cục Trồng trọt, năm 2009, kiểm tra 859 mẫu phân bón của 17 tỉnh thành thì có đến 419 mẫu không đạt chất lượng, chiếm gần 48,78%, tăng 1,6% so với năm 2008. Trong số các mẫu phân không đạt chất lượng có 58% là phân vô cơ, 23% phân hữu cơ và 19% phân bón lá. "Đây là thiệt hại vô hình nhưng rất lớn đối với nông dân", kết luận của Cục Trồng trọt.

Ngoài ra, Bộ Nông nghiệp nông thôn nhận định, nông dân sử dụng phân bón không đúng phương pháp, từ đó hiệu quả kém. Do đó cần đào tạo cho nông dân bón phân đúng kỹ thuật. Bộ cũng có kế hoạch đào tạo khoảng 300.000 nông dân trong cả nước để hiểu biết hơn về phân bón.

Năm 2010, nhu cầu phân bón trong nước cần khoảng 9 triệu tấn, trong khi đó sản xuất trong nước chỉ đạt 6 triệu tấn, số còn lại phải nhập khẩu.