Theo Bộ Thuỷ sản, xuất khẩu thuỷ sản năm 2006 đạt khoảng 788,6 nghìn tấn, với tổng kim ngạch khoảng 3,3 tỷ USD, vượt hơn 20% so với kế hoạch năm (2,8 tỷ USD). Có được thành công trong xuất khẩu thuỷ sản là nhờ sự chủ động chuyển hướng thị trường của các doanh nghiệp. Năm 2006, thị trường xuất khẩu thuỷ sản gặp nhiều khó khăn và thách thức sau hai vụ kiện bán phá giá cá tra, ba sa và tôm. Tuy vậy, các thị trường truyền thống vẫn được giữ vững và mở rộng, phát triển thêm các thị trường mới. Điều này đã dẫn tới sự thay đổi về cơ cấu thị trường. Kết quả thống kê trong 11 tháng năm 2006 cho thấy, cơ cấu thị trường tính theo kim ngạch như sau: Nhật Bản 25,3%, EU 21,7%, Hoa Kỳ 19,8%... trong khi cơ cấu thị trường 11 tháng năm 2005, giá trị sản phẩm thuỷ sản của Việt Nam xuất khẩu vào thị trường Nhật Bản là 30%, Hoa Kỳ là 23%, EU là 16%...

Trong năm qua, mặt hàng cá tra, ba sa có mức tăng trưởng nhanh nhất trong nhóm mặt hàng thủy sản, ước đạt 210.000 tấn với giá trị ước đạt 560 triệu USD, khẳng định là một trong những sản phẩm thủy sản xuất khẩu chủ lực của Việt Nam. Cá tra, ba sa được tiêu thụ mạnh ở EU và Đông Âu. Nga nhập cá tra, ba sa đạt 54,85 triệu USD, bằng 2.751,2% so với năm 2005 và Ba Lan đạt 45 triệu USD, bằng 857,9% so với năm 2005. Kết quả trên cho thấy thị trường cá tra, ba sa tại Nga, EU... rất có triển vọng.

Tuy đạt được những thành công nhất định về xuất khẩu, song ngành thuỷ sản vẫn còn phải đối mặt với một số vấn đề, đặc biệt là tồn tại về an toàn vệ sinh thực phẩm. Tình trạng tiêm tạp chất vào nguyên liệu đe dọa chất lượng hàng thủy sản xuất khẩu của Việt Nam, cũng như lạm dụng sử dụng thuốc, kháng sinh, hoá chất trong nuôi trồng thuỷ sản, bảo quản sản phẩm sau thu hoạch là mối đe dọa nguy cơ đánh mất các thị trường xuất khẩu thuỷ sản lớn. Thuỷ sản Việt Nam đã từng "mắc" phải vấn đề này tại EU, Canada, Hoa Kỳ, và trong những tháng cuối năm 2006 lại "mắc" tại thị trường Nhật Bản. Tuy vậy, Bộ Thuỷ sản cũng đã kịp thời phối hợp với các bộ, ngành chỉ đạo các doanh nghiệp, các Sở Thuỷ sản thực hiện các biện pháp quản lý, quyết tâm giữ vững thị trường chiến lược này.

Năm 2007, Bộ Thuỷ sản đã xác định một số chỉ tiêu kế hoạch chủ yếu như: tổng sản lượng thuỷ sản đạt khoảng 3,8 triệu tấn; kim ngạch xuất khẩu đạt 3,5 tỷ USD; giá trị sản xuất của toàn ngành theo giá trị thực tế đạt 86.500 tỷ đồng. Đồng thời, Bộ Thuỷ sản cũng khẳng định trong thời gian tới, việc bảo đảm an toàn vệ sinh thủy sản sẽ được thực hiện xuyên suốt trong các khâu từ sản xuất giống, sản xuất nguyên liệu, sản xuất thức ăn, các chế phẩm sinh học trong bảo quản sau thu hoạch đến khâu chế biến, tiêu thụ nội địa và xuất khẩu. Với những nỗ lực này, ngành thủy sản Việt Nam sẽ tiếp tục có một năm mới thành công, hoàn thành kế hoạch kim ngạch xuất khẩu đã đề ra.