Theo Thông tư hướng dẫn số 120/2003-TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính tại điểm 2.10, Mục II, phần B đã quy định: sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa qua chế biến hoặc chỉ làm sạch ướp đông, phơi sấy khô áp dụng mức thuế giá trị gia tăng là 5%.

Còn các sản phẩm trồng trọt, qua chế biến (làm sạch, sấy khô, tách tạp chất, phân loại kích thước, trọng lượng, dùng máy để loại bỏ các hạt khuyết điểm, bắn màu, đánh bóng, đóng gói thành cà phê thành phẩm chất lượng cao) áp dụng mức thuế giá trị gia tăng là 10%.

Theo các doanh nghiệp kinh doanh cà phê, từ tháng 1/1999 đến nay, mặt hàng cà phê nhân ở khâu kinh doanh thương mại (trừ xuất khẩu và hạt giống), bao gồm cả các loại cà phê được làm sạch, sấy khô, tách tạp chất, phân loại kích thước, trọng lượng, dùng máy để loại bỏ các hạt lỗi, bắn màu... đã và đang áp dụng mức thuế suất giá trị gia tăng là 5% trong phạm vi cả nước. Các doanh nghiệp kinh doanh cà phê đã được cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ kê khai thuế giá trị gia tăng, quyết toán thuế giá trị gia tăng, hoàn thuế giá trị gia tăng... chấp nhận mức thuế này.

Việc xác định mức thuế giá trị gia tăng là 5% hay 10% sẽ dẫn đến hiện tượng không đồng nhất. Theo Hiệp hội, thực tế hiện nay cho thấy, cùng mặt hàng cà phê nhân, có một số nơi áp dụng mức 5% thuế giá trị gia tăng, nhưng có nơi áp dụng mức thuế 10%, trong khi hoạt động mua bán cà phê là hoạt động diễn ra trên toàn quốc. Trường hợp một số địa phương không triển khai hoặc triển khai không đồng nhất thì xử lý như thế nào thuế suất giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra khác nhau của mặt hàng này.

Trong niên vụ này, Tổ chức Cà phê Quốc tế (ICO) đã phân loại cà phê nhập tại 10 cảng khác nhau ở châu Âu, có hơn 1 triệu bao trong số 1,5 triệu bao cà phê bị loại của 17 nước vùng lãnh thổ là cà phê Việt Nam.

Ngày 7/5/2007 tại “Hội nghị áp dụng tiêu chuẩn chất lượng TCVN 4193:2005 đối với cà phê xuất khẩu Việt Nam, Thứ trưởng Bộ Thương mại đã có thông báo áp dụng kiểm tra chất lượng mặt hàng cà phê theo tiêu chuẩn chất lượng TCVN 4193:2005 đối với cà phê xuất khẩu mới được thông quan. Thời điểm áp dụng từ niên vụ mới ngày 01/10/2007.

Hiện nay xu thế chung của ngành cà phê là khuyến khích xuất khẩu hàng chất lượng cao qua chế biến, vừa tăng giá trị vừa bảo đảm thương hiệu cà phê Việt Nam trên thị trường thế giới. Cà phê Việt Nam vẫn còn xuất khẩu chủ yếu dưới dạng thô. Công việc sơ chế hay chế biến cà phê đều qua công đoạn làm sạch, sấy khô, tách tạp chất, phân loại, kích thước, trọng lượng, mà cà phê qua sơ chế hay qua chế biến chất lượng cao là cũng để xuất khẩu. Việc để có sản phẩm cà phê chất lượng cao, doanh nghiệp phải đầu tư công nghệ mới, cải tiến kỹ thuật và các dây chuyền máy móc rất đắt tiền, hao hụt nhiều...

Một doanh nghiệp xuất khẩu cà phê lớn ở tỉnh Dak Lak cho rằng, mức thuế giá trị gia tăng 5% hay 10% đều được khấu trừ, nhưng không khuyến khích các nhà thu mua chế biến cà phê chất lượng cao để bán cho doanh nghiệp xuất khẩu.

Một doanh nghiệp khác cho rằng giá mua cà phê hiện nay rất cao, việc áp dụng mức thuế 10% cho cà phê chế biến là bất lợi lớn cho doanh nghiệp. Vì trong quá trình thực hiện, thời gian lập thủ tục để hoàn thuế giá trị gia tăng chậm, doanh nghiệp phải gánh thêm một khoản lãi vay do số tiền thuế giá trị gia tăng đầu vào chờ được hoàn tăng lên gấp đôi. Điều này không phù hợp với chủ trương khuyến khích xuất khẩu hàng chất lượng cao qua chế biến để tạo ra giá trị cao trong một sản phẩm xuất khẩu, trong khi đã có chính sách ưu tiên áp thuế xuất khẩu đối với mặt hàng cà phê là 0%.

Về phía Hiệp hội Cà phê - Ca cao, sau khi lấy ý kiến doanh nghiệp, Hiệp hội đề xuất với Tổng cục Thuế nên áp dụng thống nhất mức thuế giá trị gia tăng hợp lý là 5% đối với tất cả các mặt hàng cà phê nhân; đồng thời kiến nghị Tổng cục có văn bản hướng dẫn các Cục Thuế áp dụng thống nhất cả nước.

Như thế, sẽ tạo nhiều điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp vừa tăng giá trị kim ngạch xuất khẩu vừa bảo đảm thương hiệu cà phê Việt Nam trên thị trường thế giới trong giai đoạn ngành cà phê đang khuyến khích nâng cao chất lượng sản phẩm xuất khẩu hàng chất lượng cao (chỉ có giấy chứng nhận cà phê đạt tiêu chuẩn chất lượng TCVN 4193:2005 mới được xuất đi các nước).

Nguồn tin: Vneconomy