Có nhiều lý do dẫn tới sự tăng trưởng chậm này nhưng điều đáng lo ngại hơn là càng những tháng cuối năm thì thuỷ sản Việt Nam lại càng gặp khó khăn tại một số thị trường trong việc quản lý tiêu chuẩn chất lượng thuỷ sản.

Theo Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, các doanh nghiệp xuất khẩu thuỷ sản Việt Nam đang tồn đọng hàng nghìn tấn cá tra, ba sa bởi những quy định ngặt nghèo về kiểm soát chất lượng của Liên bang Nga. Có thể nói, ngay từ những tháng đầu năm 2007, Nga đã công bố lệnh cấm nhập khẩu thuỷ sản từ các nước, trong đó có Việt Nam. Với những kết quả thanh tra, 27 doanh nghiệp Việt Nam đã được cấp mã số xuất khẩu vào Nga. Tuy sản phẩm thuỷ sản của số doanh nghiệp trên đã được phép xuất khẩu vào thị trường Nga nhưng vẫn còn vướng mắc do cơ chế quản lý về các giấy phép liên quan đến chất lượng của Nga rất phức tạp và nhiều công đoạn, ảnh hưởng trực tiếp tình hình nhập khẩu thuỷ sản của chính các nhà nhập khẩu Nga. Theo báo cáo mới nhất của Bộ nông nghiệp và phát triển nông thôn, hiện có tới hàng nghìn tấn cá tra, ba sa của các doanh nghiệp Việt Nam bị tồn đọng do không xuất khẩu được vào Nga. Điều đáng lo ngại nhất là do yêu caùa nhập khẩu sản phẩm này của Nga khác biệt so với các thị trường khác về các thông số, tỉ lệ mạ băng, mẫu mã, giá cả; các chủng loại cá thịt đỏ, vàng, miếng phi lê (không cần sửa)… vì thể khả năng để chuyển những lô hàng tồn đọng này xuất khẩu sang thị trường khác là khó có thể thực hiện được.

Trong 10 tháng đầu năm 2007, xuất khẩu vào Nga chỉ đạt gần 93 triệu USD, giảm hơn 8,1% so với cùng kỳ năm ngoái. Do sự sụt giảm này mà Nga chỉ chiếm khoảng 3% kim ngạch xuất khẩu thuỷ sản của Việt Nam. Trong mấy năm trở lại đây, Nga là thị trường lớn nhập khẩu cá tra, ba sa của Việt Nam. Tuy nhiên, với những thay đổi nghiêm ngặt về quản lý chất lượng thuỷ sản nhập khẩu, hoạt động xuất khẩu của các doanh nghiệp thuỷ sản Việt Nam ngày càng khó khăn hơn. Qua đây cũng cho thấy, khả năng dự báo của các cơ quan quản lý cũng như chính bản thân các doanh nghiệp xuất khẩu sang thị trường này còn hạn chế.

Bên cạnh đó, xuấ khẩu thuỷ sản sang Australia trong 6 tháng đầu năm cũng giảm mạnh (tới 44% về lượng và 51% về kim ngạch so với cùng kỳ năm 2006). Hầu hết các mặt hàng xuất khẩu sang Australia đều giảm, trừ mặt hàng cá tra, ba sa có tăng nhưng cũng không nhiều.