Thông tư này hướng dẫn chi tiết việc xác nhận diện tích đất được miễn và không được miễn thủy lợi phí, việc lập dự toán, cấp phát, thanh, quyết toán khoản cấp bù thủy lợi phí được miễn; việc hỗ trợ tài chính để thực hiện xử lý xóa nợ đọng thủy lợi phí và lỗ do nguyên nhân khách quan đối với các đơn vị làm nhiệm vụ quản lý, khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi.

Diện tích đất, mặt nước dùng vào sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thủy sản và làm muối của các hộ gia đình, cá nhân, tổ chức nằm trên địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn và địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn theo quy định của Chính phủ được miễn thủy lợi phí, không phân biệt trong hay ngoài hạn mức giao đất.

Đơn vị quản lý thủy nông phối hợp với UBND xã, phường, thị trấn căn cứ vào bản đồ giải thửa, hình thức tưới tiêu, cấp nước, hợp đồng tưới tiêu giữa đơn vị quản lý thủy nông với các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân để lập bảng kê đối tượng và diện tích đất được miễn thủy lợi phí.

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NNPTNT) quyết định diện tích miễn thủy lợi phí đối với diện tích tưới tiêu và cấp nước tạo nguồn đối với các đơn vị quản lý thủy nông trung ương. UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định đối với các diện tích tưới tiêu và cấp nước của đơn vị quản lý thủy nông địa phương.

Việc xác định diện tích miễn thu thủy lợi phí của năm 2008 phải được thực hiện xong trước 30/6/2008.

Công ty nhà nước và công ty TNHH Nhà nước một thành viên làm nhiệm vụ quản lý và khai thác công trình thủy lợi là hai đối tượng được hỗ trợ cho xóa nợ đọng thủy lợi phí và lỗ do nguyên nhân khách quan; và chỉ xóa đối với các khoản nợ đọng thủy lợi phí, lỗ do nguyên nhân khách quan phát sinh trước ngày 31/12/2007.

Bộ NNPTNT quyết định xóa nợ đọng thủy lợi phí, lỗ do nguyên nhân khách quan và mức hỗ trợ cho các công ty quản lý, khai thác công trình thủy lợi Trung ương sau khi có ý kiến bằng văn bản của Bộ Tài chính; UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định đối với các công ty quản lý, khai thác công trình thủy lợi địa phương.

Công ty quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi phải xác định trách nhiệm đối với các khoản lỗ do nguyên nhân chủ quan của các tập thể, cá nhân có liên quan để yêu cầu bồi thường theo quy định của pháp luật hiện hành. Đối với số lỗ còn lại, phải tự kiểm điểm xác nhận nguyên nhân lỗ, lập hồ sơ đề nghị hỗ trợ bù lỗ báo cáo cơ quan có thẩm quyền xem xét, quyết định.