Thì tính hiệu lực trong điều hành của Nhà nước còn chưa cao, chưa tạo được sức ép thực sự về phía các doanh nghiệp, người sản xuất và các tác nhân thương mại thực thi các qui định để đổi mới sản xuất – kinh doanh theo hướng nâng cao năng lực cạnh tranh, nâng cao chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm; tốc độ tăng trưởng xuất khẩu nông sản hiện đang chững lại và chủ yếu vẫn xuất khẩu sản phẩm thô hàm lượng công nghệ cũng như giá trị gia tăng thấp; thị trường nông sản đang được mở rộng sang châu Âu, châu Mỹ, Hoa Kỳ là dấu hiệu tốt, song chứa chất đầy thách thức về chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm; tính kém bền vững đầy nguy cơ đối với việc cải thiện thu nhập và cuộc sống của nông dân, đặc biệt là các hộ nông dân nghèo do đột biến tăng giá vật tư đầu vào sản xuất và tiêu dùng đòi hỏi phải có sự phối hợp chặt chẽ giữa chính sách cho tăng trưởng kinh tế với đảm bảo phúc lợi xã hội.
Theo ông Thi, nông nghiệp chưa được hưởng lợi đáng kể từ việc thu hút đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI) nhờ tác động của WTO (mới dành được khoảng 3,5% số dự án và 2% tổng vốn FDI vào Việt Nam). Năm đầu tiên Việt Nam gia nhập WTO (2007), sản xuất nông nghiệp gặp phải những biến động phức tạp do thiên tai, dịch bệnh, giá vật tư đầu vào tăng... ảnh hưởng lớn đến thu nhập của người nông dân, đặc biệt là hộ nghèo ở các khu vực dễ bị tổn thương. Trong 3 phân ngành của nông nghiệp là trồng trọt, chăn nuôi, lâm nghiệp thì mới có ngành trồng trọt cây trồng tăng khá ổn định; còn chăn nuôi tăng không đồng đều giữa các loại gia súc, gia cầm; lâm nghiệp diện tích rừng tăng nhưng chưa cung cấp đủ nguyên liệu cho ngành đồ gỗ và rất khó đảm bảo thực hiện thành công chương trình trồng mới 5 triệu ha rừng. Cơ cấu loại hình tổ chức sản xuất nông nghiệp nhiều thay đổi nhưng chưa được quan tâm đầy đủ phía cầu; sản xuất nông nghiệp vẫn dựa vào qui mô nhỏ, phân tán, chất lượng sản phẩm thấp, sức cạnh tranh còn yếu, thiếu bền vững, tiềm ẩn nhiều rủi ro.
Một số mặt hàng nông sản đã củng cố được vị thế trên thương trường thế giới như gạo xuất khẩu đứng thứ 2 sau Thái Lan, cà phê đứng thứ 2 sau Brazil, hạt tiêu xếp thứ nhất, hạt điều xếp thứ 2 sau Ấn Độ, cao su đứng thứ 5, chè đứng thứ 7... và đã vượt ra khỏi thị trường truyền thống châu Á sang châu Âu, Hoa Kỳ. Cán cân thương mại nông nghiệp Việt Nam vẫn đang xuất siêu với tổng kim ngạch xuất khẩu năm 2007 đạt 12,5 tỷ USD, tăng 19,5% so với năm 2006. Tuy nhiên, tốc độ tăng trưởng xuất khẩu đang chậm lại so với các năm trước (năm 2006 tăng 22,2%; năm 2005 là 26,7%). Đặc biệt, trong 2 năm 2006 và 2007, mặt hàng rau quả xuất khẩu giảm đáng kể, năm 2007 chỉ đạt 299 triệu USD so với 330 triệu USD của năm 2001.
Việt Nam đã ký các Hiệp định tự do hoá mậu dịch song phương, khu vực và với WTO. Theo đó, mức thuế quan thấp nhất áp dụng đối với các mặt hàng nông sản nhập khẩu từ khối ASEAN là 1.182 dòng thuế có mức bình quân đơn giản năm 2007 là 3,83%; từ thực hiện chương trình thu hoạch sớm AC-FTA (Khu vực Mậu dịch tự do ASEAN – Trung Quốc) gồm 365 dòng thuế với mức bình quân đơn giản năm 2007 là 3,79%; thuế quan các hàng hoá nông sản không thuộc chương trình thu hoạch sớm AC-FTA là 1.162 dòng với mức bình quân đơn giản năm 2007 chưa đến 15% (giảm hơn 5% so với năm 2006). Mức thuế quan ưu đãi tối huệ quốc (MFN) năm 2007 áp dụng cho các thành viên WTO và các nước không phải thành viên WTO nhưng được hưởng ưu đãi MFN của Việt Nam có 1.214 dòng thuế bình quân đơn giản là 23,59%. Thuế quan ưu đãi thực hiện theo Hiệp định Thương mại Việt Nam – Hoa Kỳ áp dụng cho 448 dòng thuế với mức bình quân đơn giản là 27,26%. Phần thuế các mặt hàng nông sản nhập khẩu không được hưởng các ưu đãi còn lại là không đáng kể. Thế nhưng, thực tế người tiêu dùng Việt Nam chưa được hưởng lợi trực tiếp từ việc cắt giảm thuế quan trên. Đây là một câu hỏi đặt ra đối với cả các cơ quan quản lý nhà nước trong việc quản lý, giám sát giá cũng như đối với doanh nghiệp.
Gia nhập WTO, Việt Nam đã xoá bỏ những rào cản được coi là không phù hợp, chỉ còn kiểm soát các mặt hàng nhạy cảm có ảnh hưởng đến an toàn sức khoẻ, an ninh xã hội. Song năng lực của Việt Nam còn hạn chế, hệ thống tiêu chuẩn chất lượng còn thấp nên chưa có hàng rào kỹ thuật để ngăn chặn hàng chất lượng thấp nhập khẩu vào nội địa. Ngược lại, nông sản Việt Nam như gạo, chè, cà phê, thịt lợn, thuỷ sản... vẫn đang phải đối mặt với các qui định kỹ thuật và yêu cầu chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm của các nước.
Để nông nghiệp tận dụng tốt những cơ hội phát triển, giảm thiểu thách thức tác động từ WTO, các chuyên gia Viện Ipsard cho rằng, Việt Nam cần phải tăng cường cải thiện chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm cho lĩnh vực nông nghiệp, lấy doanh nghiệp làm trung tâm; thiếp lập một hệ thống giám sát giá cả chặt chẽ; thực hiện đồng bộ các biện pháp kiểm soát, đánh giá tác động của các mặt hàng nông sản nhập khẩu; nâng cao giá trị gia tăng và sức cạnh tranh cho nông sản dựa vào đổi mới công nghệ trong các chuỗi giá trị nông sản xuất khẩu; xây dựng chiến lược toàn diện và biện pháp linh hoạt trong xuất khẩu nông sản; thí điểm và mở rộng áp dụng chính sách bảo hiểm nông nghiệp; ban hành chính sách an sinh xã hội cho các đối tượng dễ bị tổn thương, người nghèo; sử dụng tối đa mức hỗ trợ “hộp hổ phách” cho nông nghiệp, đồng thời huy động đầu tư từ các ngành kinh tế khác cho nông nghiệp phát triển.