Kể từ khi cuộc khủng hoảng kinh tế lan rộng trên toàn cầu thì ngành thủy sản của Việt Nam đã ít nhiều bị ảnh hưởng. Khó khăn nhất là khi việc Nhà nước đưa ra chính sách siết chặt tín dụng, lãi suất ngân hàng khiến nhiều người nuôi cá lâm vào tình trạng lỗ vốn và phải bỏ ao, hậu quả là giảm khá lớn diện tích nuôi trồng thủy sản nên năm 2009, con cá tra, ba sa khó có cơ hội phát triển mạnh như năm 2008.

Ngay từ tháng 10/2008, sản lượng xuất khẩu thủy sản đã giảm dần, nhất là mặt hàng cá, một số doanh nghiệp đã phải giảm công suất chế biến từ 30-50%, thậm chí có nhiều doanh nghiệp đã phải ngừng sản xuất. Hiện tại, một số địa phương tại đồng bằng sông Cửu Long đã có kế hoạch cắt giảm diện tích nuôi trồng và số lồng, bè nuôi thủy sản. Tỉnh Vĩnh Long dự kiến thực hiện 2.400 ha nuôi trồng thủy sản (giảm 37ha), số lồng, bè nuôi thủy sản còn 400 chiếc (giảm 29 chiếc so với năm 2008), nhưng tỉnh vẫn phấn đấu tổng sản lượng thủy sản đến cuối năm đạt 132.700 tấn (tăng 12.000 tấn so với năm 2008).

Một số tỉnh khác thì giảm bớt diện tích nuôi trồng tôm sú, cá bè… Vì vậy, Hiệp hội Chế biến và xuất khẩu thủy sản (VASEP) dự báo rằng, tình hình khó khăn còn kéo dài trong năm 2009. Hơn nữa việc hai mặt hàng chủ lực là tôm và cá tra giảm sản lượng xuất khẩu trong những ngày đầu năm đã làm cho xuất khẩu thủy sản năm 2009 giảm khoảng 15- 20% so với năm 2008. Mức sụt giảm này còn tùy thuộc vào mức độ hồi phục của kinh tế thế giới kết hợp với hiệu quả của những giải pháp kích thích xuất khẩu của Việt Nam.

Tuy nhiên, chúng ta vẫn có nhiều cơ hội để đẩy mạnh xuất khẩu, tăng giá trị và lợi nhuận cho người sản xuất vì nhu cầu của người tiêu dùng các nước đang tăng rất mạnh, chẳng hạn như thị trường Anh, Ailen đã tăng hơn 60% trong 3 tháng cuối năm 2008, hay thị trường Trung Đông và Bắc Phi tăng trưởng từ 100- 200%, ngoài ra tất cả các thị trường khác (trừ Trung Quốc và một số nước Asean) đều tăng mạnh.

Hiệp hội Vasep cũng đưa ra những vấn đề cần phải tháo gỡ hiện nay cho các doanh nghiệp cũng như người dân nuôi trồng thủy sản nhằm giúp họ khắc phục khó khăn, đẩy mạnh sản xuất và xuất khẩu. Một trong những vấn đề này phải kể tới là giá cả thức ăn cho cá, vệ sinh an toàn thực phẩm đặc biệt là sự tăng cường liên kết giữa các doanh nghiệp sản xuất trong nước cũng như mở rộng các thị trường mới và đẩy mạnh hơn nữa các thị trường truyền thống.

Theo nhận định của các chuyên gia ngành thủy sản, trong thời gian tới, cần đẩy mạnh hơn nữa vào các thị trường Nhật Bản vì nguồn cung cấp tôm cỡ trung từ các nước Ấn Độ, Inđônêxia cho Nhật đang khan hiếm. Thêm vào đó, một trong những thị trường truyền thống như EU và Hàn Quốc cũng cần được chú trọng hơn nữa để tránh tình trạng sụt giảm sản lượng xuất khẩu nghiêm trọng như thị trường Mỹ. Mặc dù hiện nay, cuộc khủng hoảng tài chính đang ảnh hưởng nghiêm trọng đến nền kinh tế của EU nhưng đây vẫn là thị trường NK thủy sản ổn định và tiếp tục tăng trưởng.