Theo Công ty Lương thực Long An, trong tháng 2 và tháng 3-2009 giá lúa IR 50404 tăng đột ngột lên tới 4.600 đồng/kg, chỉ thấp hơn lúa hạt dài 100 đồng/kg. Do thấy lúa IR 50404 bán được giá cao nên nông dân ở nhiều địa phương đổ xô trồng giống lúa này trong vụ hè thu 2009. Ngoài ra, việc duy trì lúa IR 50404 còn do giống lúa chất lượng cao thiếu, giá lại cao. Những giống như Jasmin 85, OMCS 2000, VD 20, TP4, TP5, MTL500… rất khan hiếm.

TS Lê Văn Bảnh, viện trưởng Viện Lúa ĐBSCL, cho biết hiện nay các tỉnh ĐBSCL đã xuống giống được 1 triệu ha lúa hè thu (kế hoạch 1,6 triệu ha) nhưng diện tích gieo sạ giống IR 50404 chiếm hơn 20%. Riêng các tỉnh Tiền Giang, Đồng Tháp, Long An... diện tích trồng lúa này lên tới 30-40%. Mới đây Bộ NN&PTNT tiếp tục có công điện yêu cầu các địa phương không được gieo sạ giống IR 50404 vì chất lượng lúa trong vụ này rất kém và khó tiêu thụ xuất khẩu. Hiện một số địa phương đang thu hoạch vụ hè thu sớm, dù sản lượng lúa IR 50404 chưa nhiều nhưng đã có dấu hiệu tình trạng ứ đọng tái diễn như hồi giữa năm 2008.