Trong giai đoạn này, sự chuyển biến tích cực của nền nông nghiệp và kinh tế nông thôn chính là thành tựu quan trọng nhất của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Sự chuyển biến này đã mang lại việc sản xuất các loại hàng nông sản được đẩy mạnh theo chiều hướng sản xuất các loại hàng hoá nông sản có nhu cầu thị trường cao, có giá trị kinh tế và hiệu quả lớn.

Về sản xuất lúa, theo chủ trương chung của Bộ, trong thời gian qua, diện tích gieo trồng lúa đã giảm để đi vào việc nâng cao chất lượng và hiệu quả gắn với yêu cầu ngày càng cao của người tiêu dùng trong và ngoài nước. Chính vì thế, tuy diện tích lúa gieo trồng giảm nhưng năng suất và sản lượng tăng, an ninh lương thực luôn được đảm bảo. Cụ thể, trong 4 năm qua, diện tích lúa trên cả nước đã giảm từ 7,666 triệu ha xuống còn 7,444 triệu ha. Số diện tích này được chuyển sang để nuôi trồng thuỷ sản và trồng các cây trồng khác có giá trị kinh tế cao hơn, cũng như có thị trường tiêu thụ rộng lớn hơn và dễ tính hơn. Hiện nay, tỷ lệ lúa có chất lượng gạo ngon đã tăng từ 15% vào năm 2000 lên 30 - 35% năm 2004. Tỷ lệ gạo có 0% và 5% tấm đã tăng từ dưới 10% năm 2000 lên 30% năm 2004 để đáp ứng nhu cầu xuất khẩu gạo ngon ra thế giới ngày càng tăng. Do đó, ngay từ năm 2004, mục tiêu về sản lượng gạo là 34 triệu tấn mà Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ IX của Đảng đề ra đã đạt được.

Đối với lĩnh vực sản xuất cây công nghiệp và cây ăn quả, đã hình thành các vùng trồng cây tập trung có hiệu quả và năng suất cao hơn. Sự điều chỉnh theo xu hướng và nhu cầu của thị trường đã mang lại nguồn thu cao hơn cho lĩnh vực này. Thuận lợi cho ngành sản xuất cây công nghiệp và cây ăn quả đó chính là thị trường tiêu thụ của nó khá ổn định. Ngành có điều kiện để đầu tư và phát triển sản xuất theo chiều sâu, thâm canh, có điều kiện thuận lợi để áp dụng quy trình công nghệ trong việc chọn giống cây, chăm sóc, thu hái và chế biến. Diện tích cây trồng được mở rộng, sản lượng tăng nhanh và chất lượng được nâng cao. Đáng kể nhất là cây cao su đã tăng 39 nghìn ha vào năm 2004, cây điều tăng lên 86,8 nghìn ha, cây chè có diện tích tăng là 31 nghìn ha. Trong số những cây trồng lâu năm đó, chỉ có cây cà phê đã gặp nhiều khó khăn hơn vì thị trường tiêu thụ không ổn định trong thời gian qua. Vì thế, người dân đã chủ động giảm diện tích trồng cây cà phê xuống còn 503 nghìn ha vào năm 2004. Đối với cây ăn quả, trên thị trường trong và ngoài nước đều có khả năng tăng do nhu cầu của mặt hàng này vẫn luôn tăng đáng kể. Không chỉ tăng về số lượng cây trồng, diện tích cây trồng mà chất lượng của các sản phẩm đầu ra đã ít nhiều có được những thương hiệu riêng. Những vùng trồng cây đặc sản của từng địa phương đã được hình thành và trở nên nổi tiếng với thị trường trong và ngoài nước: Hưng Yên nổi tiếng với sản phẩm nhãn lồng, Lục Ngạn và Thanh Hà có sản phẩm vải thiều, cam quýt Hà Giang và Tuyên Quang cũng là những đặc sản của vùng, các loại xoài của miền Đông Nam Bộ và trái cây nhiệt đới khác như chôm chôm, thanh long... của miền Đông Nam Bộ cũng là những loại cây có tính cạnh tranh cao.

Bên cạnh đó, ngành chăn nuôi cũng thu được nhiều thành tích quan trọng, tốc độ phát triển luôn đạt con số khả quan do nhu cầu tiêu thụ về thịt, trứng, sữa trong nước đang tăng mạnh. Các vùng chăn nuôi có quy mô tương đối lớn, được tổ chức theo hình thức trang trại và chăn nuôi công nghiệp. Hiện nay, cả nước có 197 nhà máy công nghiệp chế biến thức ăn chăn nuôi. Mặc dù trong những năm gần đây, dịch cúm gia cầm diễn ra trên diện rộng nhưng chăn nuôi vẫn có mức tăng trưởng khá và ổn định, làm tăng giá trị của lĩnh vực này từ 19,3% lên 22,4% vào năm 2004.

Trong lĩnh vực lâm nghiệp, diện tích rừng trồng được tăng lên thay thế cho việc chủ yếu khai thác tài nguyên thiên nhiên như trước đây. Rừng trồng kinh tế bước đầu có những chuyển biến tích cực. Việc khai thác rừng được thay thế dần bằng việc gia tăng diện tích rừng trồng, bảo vệ diện tích rừng tự nhiên, thực hiện chế độ giao khoán rừng để nâng cao hiệu quả của việc bảo vệ rừng. Phát triển lâm nghiệp đã từng bước gắn với thị trường, tạo nhiều việc làm cho người dân, nâng cao thu nhập và cải thiện điều kiện sống cho họ. Kim ngạch xuất khẩu lâm sản từ 376 triệu USD năm 2000 lên 1.123 triệu USD năm 2004 (gấp trên 3 lần). Tỷ lệ che phủ rừng tăng từ 34,2% năm 2000 lên 36,7% năm 2004. Dự kiến năm 2005, con số này là 37,7%.

Trong lĩnh vực công nghiệp chế biến, nhất là chế biến nông - lâm sản đã có chiều hướng tăng tích cực. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã có chủ trương tăng dần tỷ lệ máy móc được hiện đại hoá, nhằm nâng cao chất lượng chế biến và bảo quản sản phẩm sau thu hoạch, gián tiếp làm tăng giá trị kinh tế cho sản phẩm của Việt Nam trên thị trường thế giới và giữ vững thị trường tiêu thụ trong nước. Các nhà máy chế biến nông - lâm sản, nhất là các nhà máy chế biến rau, quả đang còn gặp khó khăn, như thiếu nguyên liệu đầu vào có chất lượng cao và ổn định, hoặc công suất sử dụng thực tế còn thấp nên phải chịu nhiều chi phí, trong đó có chi phí khấu hao, điều đó đã đẩy giá của sản phẩm lên cao và giảm chất lượng cũng như tính cạnh tranh của sản phẩm. Tuy nhiên, trong thời gian tới, các nhà máy sẽ chú trọng việc đầu tư phát triển công nghiệp chế biến để tăng nhanh giá trị của đầu ra. Việc đầu tư cho các nhà máy ở vùng sâu, vùng xa còn tạo điều kiện để cải thiện kết cấu hạ tầng, điều kiện sống cho người dân. Điều này không chỉ mang ý nghĩa kinh tế mà còn có ý nghĩa chính trị - xã hội cao, rất cần có sự khuyến khích và đầu tư theo chiều sâu từ phía cơ quan chủ quản. Ngoài ra, các ngành nghề và dịch vụ khác như các làng nghề truyền thống có bước phát triển mạnh. Hiện nay, tại mỗi địa phương trong cả nước đều có những làng nghề truyền thống, với những sản phẩm chủ lực không chỉ có chỗ đứng trong lòng người tiêu dùng trong nước mà cả với người nước ngoài, vốn đề cao tính chất thủ công trong mỗi sản phẩm của người phương Đông.

Nhìn chung, trong những năm gần đây ngành nông nghiệp nước ta luôn đảm bảo được các chỉ tiêu về tăng năng suất, tăng sản lượng và tăng chất lượng. Hầu hết các cây trồng, vật nuôi đều tăng năng suất, chất lượng và có giá trị kinh tế cao hơn. Có được thành tựu đó chính là do việc áp dụng các thành tựu về khoa học và công nghệ mới, tiên tiến trên thế giới được rộng rãi hơn. Chính chất lượng giống cây trồng, vật nuôi là yếu tố quan trọng nhất để tạo nên năng suất cao và hiệu quả kinh tế cho sản phẩm. 

Bên cạnh đó tỷ trọng hàng hoá hướng ra xuất khẩu cũng ngày càng tăng so với thời gian trước, các mặt hàng chính đạt tốc độ tăng trưởng khá đó là gạo có lượng hàng xuất khẩu chiếm tỷ lệ 20% trong số hàng sản xuất ra, cà phê là 95%, cao su là 85%, chè là 75%, hạt điều là 90%, hồ tiêu 98%... Cụ thể, kim ngạch xuất khẩu nông - lâm sản ước đạt 17,5 tỷ USD trong giai đoạn từ 2000 - 2005, tốc độ tăng bình quân hàng năm là 10%. Giá các loại nông sản trong những năm gần đây cũng tăng đáng kể, làm tăng thu nhập cho người nông dân. Việc chiếm lĩnh thị trường trong nước cũng đang được các doanh nghiệp, các hợp tác xã chú trọng, không để các sản phẩm của Trung Quốc và các nước gần biên giới nhập lậu vào Việt Nam.

Công tác tổ chức sản xuất trong nông và lâm nghiệp có những đổi mới hiệu quả hơn. Việc sắp xếp, đổi mới và tổ chức lại các loại hình doanh nghiệp trong ngành đã được tiến hành theo đúng chủ trương của Chính phủ và đã có những hiệu quả nhất định. Hiệu quả hoạt động từ các doanh nghiệp này đã được nâng lên. Các doanh nghiệp nhà nước đã tích cực và chủ động tìm hướng đi riêng cho mình, không còn quá phụ thuộc vào sự hỗ trợ của Nhà nước.  Bên cạnh đó điều kiện kết cấu hạ tầng nông thôn được tăng cường, góp phần thúc đẩy sản xuất phát triển và người dân nông thôn được hưởng một cuộc sống có điều kiện tốt hơn. Các lĩnh vực có thành tích nổi bật là thuỷ lợi, đã xây dựng thành công các hồ chứa nước quan trọng ở khu vực miền Trung và Tây Nguyên, khắc phục tình trạng hạn hán của mùa màng và tình trạng thiếu nước sinh hoạt triền miên của người dân nơi đây vào mùa khô hạn. Chẳng hạn, Hồ Dầu Tiếng (Tây Ninh), Hồ Kẻ Gỗ, Hồ Kim Sơn (Hà Tĩnh), Hồ Núi Cốc (Thái Nguyên) là những hồ có dung tích thường là trên 50 triệu m3 nước, có khả năng đảm bảo khả năng an toàn cũng như khả năng cấp nước cho các địa phương trên.

Chương trình xoá đói giảm nghèo thực hiện có hiệu quả, đời sống người dân được nâng cao và số hộ gia đình thuộc diện nghèo đói khu vực nông thôn đã giảm đi rõ rệt. Kinh tế khu vực này có tốc độ tăng đáng kể, bình quân đạt 5%/năm, riêng công nghiệp chế biến tăng 11 - 12%/năm. Kết cấu hạ tầng của nông thôn đã được cải thiện đáng kể, hiện nay có 98% xã có đường ôtô đến trung tâm, 90% số xã có điện, 58% người dân nông thôn được dùng nước sạch, 100% xã được phủ sóng phát thanh, truyền hình. Thu nhập của người dân nông thôn cũng tăng đáng kể, bình quân tăng từ 11 triệu đồng/hộ năm 2000 lên 14 triệu đồng/hộ năm 2004. Tỷ lệ xoá đói, giảm nghèo giảm từ 19% năm 2000 xuống còn 11% năm 2004. Nhiều làng, xã đã xây dựng thành công mô hình làng, xã văn hoá. Văn hoá truyền thống dần được khôi phục tại các địa phương. Trình độ dân trí được nâng cao.