Mặc dù đã có chủ trương cắt vụ, giãn vụ và thực hiện Chỉ thị 30 của Thủ tướng Chính phủ, nhưng ngay trong tỉnh, huyện vẫn còn nhiều diện tích lúa nhiễm bệnh VL,LXL, lúa chét, gốc rạ chưa được tiêu hủy triệt để. Đây chính là nguy cơ lây lan nguồn bệnh tại chỗ sang lúa đông xuân. Bài học thực tiễn từ vụ hè thu cho thấy, bệnh VL,LXL mới phát sinh có 456 ha tại tỉnh Đồng Tháp và Long An (24/3/2006), nhưng sau 5 tháng phòng chống dịch đã gia tăng gấp 100 lần tại khắp các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long; mức độ nhiễm bệnh từ chỗ dưới 3% diện tích gieo trồng, nay đã tăng lên 10% (mức phải công bố dịch). Nguyên nhân chủ yếu là công tác tiêu hủy ruộng lúa bị nhiễm bệnh chưa được lãnh đạo chính quyền địa phương quan tâm đúng mức và ý thức người dân chưa cao, chính sách hỗ trợ tiêu hủy còn thấp nên chưa khuyến khích nông dân tiêu hủy lúa nhiễm bệnh.