Từ năm 2005, theo đề nghị của Vicofa, Bộ Tài chính đã đồng ý cho hiệp hội này thu phí cà phê nhân xuất khẩu được ủy nhiệm qua hải quan thu hộ khi doanh nghiệp làm thủ tục xuất khẩu.
Số tiền thu nói trên được Vicofa dùng để đóng hội phí hàng năm cho Tổ chức cà phê thế giới (ICO) mà Việt Nam là một thành viên, và một phần chi dùng cho hoạt động của hiệp hội này.
Tuy nhiên, mức thu phí liên tục thay đổi qua từng năm, có năm thu 0,3 USD/tấn, có năm giảm xuống còn 0,1 USD và năm nay tăng lên 0,5 USD/tấn.