Ngoài diện tích chè Shan trồng tập trung để chế biến công nghiệp, cây chè Shan tự nhiên có mặt ở hầu khắp các địa phương có độ cao từ 800-1.800m, thuộc 31 xã của các huyện Si Ma Cai, Bắc Hà, Mường Khương, Sa Pa và Bát Xát. Nơi phân bố của cây chè Shan núi cao tự nhiên đều là các thôn, bản vùng sâu, vùng xa, vùng đồng bào các dân tộc thiểu số sinh sống, nơi có địa hình phức tạp.
Theo điều tra của thạc sĩ Bùi Mạnh Tuấn - Phòng Kỹ thuật Sở NN-PTNT Lào Cai, diện tích chè Shan có ở các địa phương như sau: Huyện Si Ma Cai có 129.260 cây của 268 hộ tập trung trong 25 thôn. Huyện Mường Khương có 159.690 cây, tương đương với 79,85 ha, do 167 hộ gia đình quản lý của 14 thôn, tập trung trong 5 xã. Huyện Bát Xát có 99.050 cây tương đương 49,53 ha, do 124 hộ gia đình quản lý trong 16 thôn, thuộc 6 xã. Huyện Sa Pa có 49.650 cây, tập trung ở các xã thuộc vùng đệm và phụ cận của Vườn quốc gia Hoàng Liên, tương đương 24,83 ha, do 119 hộ gia đình quản lý trong 23 thôn, thuộc 8 xã. Những cây chè Shan phần lớn là những cây chè tự nhiên, có đường kính trung bình từ 10-20 cm, nhiều cây có đường kính 40-50cm, được bà con bảo vệ, khai thác và chế biến theo phương pháp truyền thống nên có chất lượng cao, bán với giá từ 80.000-120.000đ/kg.
Đặc biệt trong số diện tích chè Shan đó có giống chè tím tía, chiếm tỷ lệ 0,2-0,5% trong tổng số cây chè Shan tự nhiên. Đây là giống chè quí ở hầu khắp các địa phương. Sau khi phân tích sinh hoá, đã cho một số chỉ tiêu: Ta nin, chất hoà tan, axit amin, đạm tổng hợp…có hàm lượng tương đương với giống chè Shan trên cùng địa bàn, riêng hàm lượng Catechin và hợp chất thơm có tỷ lệ cao hơn từ 20-25% so với các giống chè Shan và các giống chè nhập nội. Cụ thể Catechin 215,9mg/g, hợp chất thơm 52,mg/g.
Theo một số chuyên gia về chè, giống chè Shan tím tía này nếu được phát triển sẽ tạo ra một thương hiệu riêng, một loại chè đặc biệt cao cấp không chỉ sử dụng làm nước uống mà còn có tác dụng trong y học phòng chữa một số bệnh: Đường ruột, béo phì, sâu răng, hôi miệng, phòng chống huyết áp cao, chống lão hoá… đặc biệt ngăn ngừa phóng xạ, chống ung thư.
Những năm trước đây tỉnh Lào Cai tổ chức trồng giống chè Shan phân tán vào các khu rừng phòng hộ theo Chương trình 327, nhiều khu rừng chè Shan đến nay phát triển tốt: Tả Thàng, Cao Sơn, La Pán Tẩn… cây mọc khá tập trung đã mang lại nguồn thu đáng kể cho người dân. Như vậy,cây chè Shan là cây đa tác dụng, ngoài việc phòng hộ, phủ xanh đất trống đồi núi trọc, cây chè Shan còn là cây có giá trị kinh tế, để người dân bảo vệ và phát triển vốn rừng. Tuy nhiên, các địa phương chưa tổ chức tốt việc thu mua, chế biến và quảng bá thương hiệu chè Shan vùng cao Lào Cai, người dân có chè tự chế biến khi thị trường có nhu cầu, nên cây chè chưa mang lại giá trị kinh tế cao cho người dân. Bảo vệ, phát triển cây chè Shan vùng cao, tỉnh Lào Cai cần có chương trình dài hơi, thì sản phẩm đặc biệt này mới có tên trên thị trường trong nước và thế giới.