Mục tiêu chung của dự án nhằm xây dựng cơ chế bảo hộ, quản lý, khai thác và phát triển nhãn hiệu chứng nhận gạo thơm Sóc Trăng để đảm bảo việc kiểm soát chất lượng và xúc tiến thương mại có hiệu quả, góp phần nâng cao giá trị kinh tế-xã hội, văn hoá của sản phẩm mang nhãn hiệu gạo thơm Sóc Trăng. Cụ thể, trong thời gian thực hiện, dự án sẽ xác định được tiêu chí, đặc tính cần chứng nhận của sản phẩm gạo thơm Sóc Trăng. Trong các loại gạo thơm Sóc Trăng hiện có, chủ yếu là nhóm giống gạo thơm ST như ST3, ST5, ST10, 15,19... sẽ được tuyển chọn loại nào đạt các tiêu chuẩn như những tiêu chí đề ra sẽ được đề nghị công nhận chứng nhận nhãn hiệu gạo thơm Sóc Trăng.

Sau khi dự án hoàn thành vào cuối năm 2010, Nhãn hiệu chứng nhận gạo thơm Sóc Trăng sẽ được bảo hộ, sử dụng và quản lý nhằm ngăn chặn hiện tượng hàng giả, hàng nhái; bảo vệ quyền lợi hợp pháp của nhà sản xuất tại địa phương. Khởi động Dự án nhãn hiệu chứng nhận gạo thơm Sóc Trăng cũng là bước khởi đầu để ngành nông nghiệp Sóc Trăng tiếp tục tạo và nhân rộng mô hình mẫu về tạo lập, quản lý và phát triển nhãn hiệu chứng nhận cho một số sản phẩm nông sản khác của tỉnh.