Nguyên nhân chính do chi phí sản xuất tăng cao, chủ bè bị lỗ nên ngừng nuôi. Giá thành mỗi kg cá nuôi hầm nhiều năm qua phổ biến từ 14.500 – 15.000 đồng/ kg nhưng bán ra bằng hoặc thấp hơn giá thành sản xuất làm cho một bộ phận người nuôi không có lãi hoặc lỗ. Trong khi chi phí nuôi cá tra bè cao hơn cá nuôi hầm từ 2.000 – 2.500 đồng/ kg (do chi phí thức ăn, chăm sóc cao hơn nuôi hầm) nên chủ bè càng lỗ nặng hơn. Các tỉnh có nhiều bè cá như An Giang, Đồng Tháp, Vĩnh Long, thành phố Cần Thơ đang khuyến khích các chủ bè cá (đã ngừng nuôi cá tra) chuyển sang nuôi các loại cá khác như cá mè vinh, điêu hồng, cá lăng…nhưng chưa đạt kết quả mong muốn vì các loại cá nói trên chủ yếu tiêu thụ tại thị trường nội địa hiện đã bảo hòa, nếu mở rộng sẽ lại không tiêu thụ được.