Nhằm quản lý chặt chẽ chất lượng con giống, ngành Nông nghiệp cũng đã tích cực kiểm tra, thanh tra các trại giống và đã có biện pháp xử lý những trường hợp sai phạm. Tuy nhiên, sau khi bị xử phạt, các trại giống này vẫn lén lút hoạt động, không đăng ký cũng không kiểm dịch hoặc kiểm dịch chỉ mang tính tượng trưng, gây khó khăn trong công tác quản lý.

Tổng cục yêu cầu các Chi cục Thuỷ sản địa phương cần hướng dẫn các cơ sở sản xuất tôm giống triển khai thành lập thí điểm mô hình tổ hợp tác, chi hội sản xuất, kinh doanh tôm giống; tăng cường phối hợp với những Trung tâm đào tạo cán bộ kỹ thuật thuỷ sản lớn để đào tạo cán bộ kỹ thuật cho các trại sản xuất, kinh doanh tôm giống; chuyển giao, phổ biến quy trình sản xuất giống sạch cho các trại sản xuất giống địa phương, từng bước nâng cao chất lượng sản xuất giống tại chỗ; phối hợp chặt chẽ với các ngành, các cấp kiểm tra, xử lý nghiêm những cơ sở sản xuất tôm giống kém chất lượng, chưa được kiểm dịch tại gốc.

Theo Vụ Nuôi trồng Thuỷ sản (Tổng Cục Thuỷ sản), tổng diện tích nuôi tôm trong cả nước đạt gần 600.000 ha, với nhu cầu cần khoảng 45 tỷ con giống. Tuy nhiên, hiện nay, các cơ sở sản xuất tôm giống trong cả nước mới chỉ đáp ứng được hơn 50% nhu cầu.

Năm 2009, cả nước có 3.377 trại tôm giống; trong đó, có 2.887 trại tôm sú, 409 trại tôm he chân trắng. Đến nay, các trại mới sản xuất được 23 tỷ con tôm giống, còn lại chủ yếu là nhập khẩu. Trên thực tế, nguồn tôm giống nhập khẩu cũng khó kiểm soát một cách chặt chẽ. Nhiều cơ sở sản xuất tôm giống tại các địa phương cũng chưa thực hiện đầy đủ quy trình sản xuất tôm giống sạch bệnh. Trong khi đó, công tác kiểm dịch tôm giống còn nhiều bất cập, chưa chặt chẽ, việc khai báo kiểm dịch trước khi xuất bán chưa được các cơ sở sản xuất, đại lý cung cấp tôm giống thực hiện nghiêm túc.