Theo thông tư này, tổ chức, cá nhân Việt Nam và nước ngoài hoạt động sản xuất, kinh doanh thuỷ sản; các sản phẩm thuỷ sản xuất, nhập khẩu, tiêu thụ nội địa... khi được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền thuộc ngành Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện các nghiệp vụ quản lý chất lượng an toàn vệ sinh thực phẩm sẽ phải nộp phí, lệ phí.
Việc sản xuất kinh doanh thuốc thú y, thức ăn, hoá chất, chế phẩm sinh học dùng trong nuôi trồng thuỷ sản tại Việt Nam cũng sẽ phải nộp loại phí này.

Cụ thể, theo thông tư, doanh nghiệp, cá nhân sẽ phải trả 40.000đ/lần cho một loạt hoạt động của các cơ quan quản lý, như: cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện đảm bảo vệ sinh an toàn sản xuất kinh doanh thủy sản; cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật và sản phẩm động vật, thực vật thuỷ sản vận chuyển nội địa; cấp giấy chứng nhận chất lượng thức ăn thuỷ sản; cấp giấy chứng nhận chất lượng giống thuỷ sản; cấp phép nhập khẩu, xuất khẩu động thực vật thuỷ sản...

Đáng lưu ý, các hành động đánh giá các chỉ tiêu cảm quan của cơ quan chức năng cũng sẽ được thu phí như: Xác định màu sắc, mùi, vị 15.000đ/chỉ tiêu; Khối lượng tịnh 5000đ/chỉ tiêu; Độ kín của hộp 20.000đ/chỉ tiêu; độ mịn 20.000đ/chỉ tiêu...

Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký.