Cuối tháng 12/2006, Báo Nước Nga ngày nay đưa tin, tất cả các nhà máy chế biến cá tra, basa Việt Nam XK sang Nga sẽ bị kiểm tra. Lý do, Cơ quan kiểm soát VSATTP Liên bang Nga cho biết, thời điểm đó, tại cảng Peterburg, Nga đã thu giữ 4.800 kiện philê cá tra, basa của Việt Nam thiếu hồ sơ NK hợp lệ; một số lô hàng nhiễm tạp chất... Mặc dù không áp dụng biện pháp trừng phạt để hạn chế thương mại, song các cơ quan kiểm dịch động thực vật của Nga chỉ cho phép NK từ những nhà máy chế biến đã được cơ quan chức năng liên bang Nga kiểm tra.
Xuất phát từ những dự định trên, ngày 15/1/2007, hãng Interfax đưa tin, Cục trưởng Kiểm dịch động thực vật Liên bang Nga Sergei Dankvert cho biết, cơ quan này sẽ tiến hành kiểm tra các cơ sở sản xuất thủy sản ở Iceland và Việt Nam. Đoàn thanh tra của Nga sẽ đến Iceland vào ngày 17/1/2007, sau đó là Việt Nam. Như vậy, sự việc không dừng lại ở mức độ khuyến cáo. Các cơ sở sản xuất thủy sản XK sang Nga đã phải đối mặt với sự giám sát kiểm tra của phía Nga. Phía Nga cho biết, chỉ những cơ sở sản xuất thủy sản vượt qua đợt thanh tra này và đạt tiêu chuẩn VSATTP mới được phép XK vào Liên bang Nga.
Để tránh nguy cơ hàng bị ách lại do vi phạm quy định VSATTP, Bộ Thủy sản đã có công văn yêu cầu, từ 15/1/2007, tất cả các lô hàng thủy sản XK vào Nga phải có giấy chứng nhận VSATTP theo mẫu do Cục Kiểm dịch thực vật Liên bang Nga đề xuất. Mặt khác, các cơ sở chế biến này cũng phải được công nhận đủ điều kiện đảm bảo VSATTP theo tiêu chuẩn ngành do Cục Quản lý Chất lượng, an toàn vệ sinh và thú y thủy sản (Nafiqaved) cấp. Nafiqaved cũng phải hướng dẫn, hỗ trợ các DN có nhu cầu XK thủy sản vào Nga, áp dụng chương trình quản lý chất lượng theo HACCP, đáp ứng yêu cầu của Nga.