Quỹ Tái tạo NLTS Việt Nam ra đời sẽ có nhiệm vụ huy động các nguồn tài chính trong và ngoài nước để hỗ trợ các chương trình, dự án và các hoạt động khác nhằm tái tạo và ngăn ngừa sự suy giảm NLTS trên phạm vi cả nước.

Theo Quyết định số 105/2007/QĐ-BNN do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn vừa ban hành, Quỹ Tái tạo NLTS Việt Nam chỉ được sử dụng tối đa 30% số vốn bổ sung hàng năm để thực hiện phương thức tài trợ và đồng tài trợ cho các chương trình, dự án, hoạt động tái tạo và ngăn ngừa suy giảm NLTS.

Cụ thể, Quỹ sẽ tài trợ, đồng tài trợ cho các chương trình, dự án sản xuất, mua giống hoặc nhập công nghệ sản xuất giống; chế tạo các rạn nhân tạo thả xuống các vùng nước tự nhiên nhằm phục hồi NLTS; bảo vệ, bảo tồn các loài thuỷ sản quý hiếm, đang bị đe doạ có nguy cơ tuyệt chủng…

Ngoài các hoạt động tuyên truyền, giáo dục nâng cao nhận thức về bảo vệ nguồn lợi và môi trường sống của các loài thuỷ sinh vật; khuyến khích sự tham gia của cộng đồng trong việc bảo vệ, tái tạo và ngăn ngừa suy giảm NLTS…, Quỹ còn tài trợ để xây dựng, thử nghiệm, phổ biến và nhân rộng các mô hình bảo vệ và phát triển NLTS; thiết kế các chương trình, dự án nhằm vận động sự tài trợ của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước tham gia.

Quỹ Tái tạo NLTSVN còn có chức năng hỗ trợ lãi suất vay vốn cho các tổ chức, cá nhân có các dự án phục vụ hoạt động tái tạo và ngăn ngừa suy giảm NLTS. Cụ thể là hỗ trợ các hoạt động: Chuyển đổi cơ cấu nghề nghiệp khai thác thuỷ sản ở các vùng nước ven bờ ra xa bờ ; tạo việc làm cho các đối tượng phải di chuyển hoạt động khai thác ra khỏi các vùng nước được thiết lập khu bảo tồn biển, bảo tồn thuỷ sản nội địa, khu vực cấm khai thác. Ngoài ra, ứng dụng công nghệ mới vào khai thác thuỷ sản có chọn lựa và sản xuất giống thuỷ sản nhân tạo để tái tạo và phục hồi NLTS.

Việc cấp kinh phí hỗ trợ lãi suất vay vốn được tiến hành 1 năm 1 lần trên cơ sở nợ gốc và lãi dự án đã trả cho tổ chức tín dụng. Mức hỗ trợ lãi suất không quá 50% lãi suất vay theo hợp đồng vay đã ký với tổ chức tín dụng. Tổng số tiền hỗ trợ lãi suất vay vốn cho các dự án trong năm không vượt quá 20% số vốn bổ sung hàng năm của Quỹ.

Một chức năng nữa của Quỹ là được nhận uỷ thác cho vay, thu hồi nợ và tài trợ của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước theo hợp đồng nhận uỷ thác. Quỹ được hưởng mức phí dịch vụ nhận uỷ thác, mức phí này do các bên thoả thuận và ghi trong  hợp đồng nhận uỷ thác.