Điểm đáng chú ý của quyết định mới là Thông tư 25/2010 sẽ có hiệu lực vào ngày 1-9, thay cho quy định cũ là ngày 1-7. Còn nội dung của thông tư không thay đổi so với trước. Thông tư 25/2010 ra đời trong bối cảnh doanh nghiệp thủy sản trong nước thiếu nguyên liệu buộc phải nhập khẩu để bảo đảm sản xuất. Tuy nhiên, nhiều ý kiến cho hay quy định của thông tư này chỉ làm phát sinh thêm thời gian, chi phí của doanh nghiệp, trong khi những quy định trước đây vẫn có thể kiểm soát tốt chất lượng nguyên liệu thủy sản nhập khẩu.

Hiệp hội Chế biến và xuất khẩu thủy sản Việt Nam đã có công văn đề nghị lùi thời hạn áp dụng của thông tư để doanh nghiệp có thêm thời gian chuẩn bị. Đại sứ những nước như Úc, Canada, New Zealand, Mỹ và trưởng phái đoàn EU tại Việt Nam có công thư kiến nghị xem xét một số điểm của thông tư để tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp xuất nhập khẩu.