Trong thương mại quốc tế, việc cùng tồn tại nhiều hệ thống thuế khác nhau giữa các nước dẫn tới việc một khoản thu nhập của một đối tượng nộp thuế có thể bị đánh thuế tại hai nước khác nhau. Điều này là do hầu hết các nước đều thực hiện quyền đánh thuế của mình dựa trên nguyên tắc sau:

- Các đối tượng được xác định là đối tượng cư trú của một nước phải nộp thuế tại nước đó đối với tất cả nguồn thu nhập, không kể nơi phát sinh thu nhập;

- Các đối tượng được xác định không phải là đối tượng cư trú của một nước phải nộp thuế tại nước đó đối với các khoản thu nhập phát sinh tại nước đó.

Đối tượng cư trú hay nguồn phát sinh thu nhập được xác định khác nhau theo quy định của từng nước và trong nhiều trường hợp, một công ty hoặc cá nhân có thể là đối tượng cư trú của hai hay nhiều nước. Do đó, việc đánh thuế trùng có thể xảy ra trong nhiều trường hợp như:

- Hai hay nhiều nước đều đánh thuế trên thu nhập toàn cầu của cùng một đối tượng nộp thuế, do đối tượng này được xác định là đối tượng cư trú của các nước này;

- Hai hay nhiều nước cùng xác định một khoản thu nhập của một đối tượng nộp thuế phát sinh từ nước mình và cùng đánh thuế trên khoản thu nhập đó;

- Một công ty hay cá nhân là đối tượng cư trú của nước này nhưng có thu nhập phát sinh ở nước khác, do đó vừa phải nộp thuế (trên thu nhập toàn cầu) tại nước nơi các đối tượng này cư trú, vừa phải nộp thuế đối với khoản thu nhập phát sinh tại nước mà đối tượng này không phải là đối tượng cư trú.

Với việc toàn cầu hóa nền kinh tế, hoạt động đầu tư ra nước ngoài ngày càng tăng, sự dịch chuyển của lao động từ nước này sang nước khác ngày càng nhiều, việc đánh thuế trùng thường xảy ra khi hai quốc gia cùng bảo lưu quyền đánh thuế trên một khoản thu nhập của cùng một đối tượng nộp thuế như các trường hợp nêu trên. Điều này là do một công ty, hay cá nhân là đối tượng cư trú của nước này, nhưng hoạt động và có thu nhập ở nước khác (chẳng hạn như các công ty đầu tư ra nước ngoài, hay cung cấp dịch vụ, hàng hóa ra nước ngoài; hoặc cá nhân có thu nhập ở nước ngoài do làm công, đầu tư vào một số hoạt động thương mại...).

Việc đánh thuế trùng gây ra nhiều vấn đề như là rào cản thương mại (không khuyến khích đầu tư xuyên quốc gia), là nguyên nhân dẫn đến việc vi phạm nghĩa vụ thuế, trốn lậu thuế... của các đối tượng liên quan.

Để giải quyết vấn đề đánh thuế trùng trên thu nhập của các đối tượng nêu trên, các nước thường ký kết hiệp định song phương - hiệp định tránh đánh thuế hai lần và ngăn ngừa việc trốn thuế đối với các loại thuế đánh trên thu nhập (gọi tắt là Hiệp định), trong đó chủ yếu thỏa thuận việc phân chia thẩm quyền đánh thuế của từng nước đối với một số khoản thu nhập của các đối tượng liên quan.

Mục tiêu của Hiệp định về cơ bản là nhằm loại bỏ hoặc giảm việc đánh thuế hai lần đối với một số khoản thu của đối tượng nộp thuế. Do việc đánh thuế trùng được xem như là rào cản thương mại, là trở ngại đối với tự do hóa giao lưu, hợp tác kinh tế, với mục đích là loại bỏ trở ngại trên, Hiệp định tránh đánh thuế hai lần góp phần thúc đẩy hoạt động đầu tư, trao đổi thương mại, kinh tế giữa các nước ký kết. Để thực hiện mục tiêu này, các Hiệp định thường thỏa thuận một số nguyên tắc, biện pháp để phân chia, xác định thẩm quyền đánh thuế của từng nước ký kết như:

- Xác định quyền đánh thuế của nước nơi phát sinh thu nhập đối với một số khoản thu nhập của đối tượng không cư trú;

- Giới hạn mức thuế suất đánh trên một số khoản thu nhập của đối tượng không cư trú của nước nơi phát sinh thu nhập (chẳng hạn nếu thuế suất theo quy định của luật trong nước cao hơn mức thuế suất quy định tại Hiệp định, thì áp dụng mức thuế suất theo Hiệp định);

- Cho khấu trừ số thuế đã nộp ở nước ngoài vào số thuế phải nộp tại nước cư trú;

- Ngăn ngừa việc trốn lậu thuế bằng cách tăng cường trao đổi thông tin giữa các nước ký kết.

Trong quá trình mở cửa nền kinh tế, để thu  hút đầu tư, phát triển thương mại, Việt Nam đã đàm phán ký kết nhiều hiệp định tránh đánh thuế hai lần với các nước. Đến nay, chúng ta đã ký Hiệp định tránh đánh thuế hai lần với hơn 50 quốc gia và vùng lãnh thổ trên thế giới.

Để thực hiện các Hiệp định đã ký kết, Bộ Tài chính đã ban hành nhiều văn bản giải thích nội dung và hướng dẫn thủ tục áp dụng Hiệp định tránh đánh thuế hai lần tại Việt Nam như:

- Thông tư số 52-TC/TCT ngày 16/8/1997 hướng dẫn thực hiện Hiệp định giữa Việt Nam và các nước;

- Thông tư  số 95/1997/TT-BTC ngày 29/12/1997 hướng dẫn và giải thích nội dung các điều khoản của Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Việt Nam và các nước đã ký kết có hiệu lực thi hành tại Việt Nam;

- Thông tư số 59/1998/TT-BTC ngày 12/5/1998 bổ sung Thông tư 95/1997/TT-BTC ngày 29/12/1997;

- Thông tư số 37/2000/TT-BTC ngày 5/5/2000 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 95/1997/TT-BTC ngày 29/12/1997;

Sau đó, tất cả thông tư trên được thay thế bởi Thông tư số 133/2004/TT-BTC ngày 31/12/2004 hướng dẫn thực hiện Hiệp định tránh đánh thuế hai lần đối với các loại thuế đánh vào thu nhập và tài sản giữa Việt Nam với các nước có hiệu lực thi hành tại Việt Nam.

Ngoài việc giải thích nội dung một số điều của Hiệp định tránh đánh thuế hai lần, thủ tục thực hiện Hiệp định theo hướng dẫn của các thông tư trên bao gồm:

- Thủ tục khấu trừ số thuế đã nộp ở nước ngoài vào số thuế phải nộp tại Việt Nam đối với các tổ chức, cá nhân là đối tượng cư trú của Việt Nam;

- Thủ tục miễn, giảm thuế phải nộp tại Việt Nam cho tổ chức, cá nhân nước ngoài;

- Thủ tục xác nhận số thuế đã nộp ở Việt Nam cho tổ chức, cá nhân là đối tượng cư trú của nước ngoài;

- Thủ tục xác nhận đối tượng cư trú của Việt Nam.

Trong điều kiện của Việt Nam, các tổ chức, cá nhân nước ngoài là đối tượng cư trú của các nước ký kết Hiệp định với Việt Nam thuộc đối tượng được miễn, giảm thuế theo quy định của Hiệp định, cũng như các tổ chức/công ty có vốn đầu tư nước ngoài cần xác định số thuế đã nộp ở Việt Nam để được khấu trừ vào số thuế phải nộp ở nước ngoài rất nhiều.

Mặc dù không quy định rõ ràng, nhưng theo hướng dẫn của các thông tư trên và thực tế áp dụng ở các cơ quan thuế địa phương, các đối tượng thuộc diện được miễn, giảm thuế theo quy định của Hiệp định hầu như phải thực hiện nộp thuế trước vào ngân sách nhà nước, sau đó mới thực hiện thủ tục xin miễn, giảm, hoàn thuế hoặc khấu trừ số thuế nộp thừa vào số thuế phải nộp tiếp theo. Thời hạn xem xét việc miễn, giảm hoặc hoàn thuế, theo quy định là 30 ngày. Nhưng trên thực tế, thủ tục này mất rất nhiều thời gian, đặc biệt là đối với những trường hợp hoàn thuế khi hồ sơ phải được Bộ Tài chính xem xét.

Như vậy, không như các nước, mặc dù được quy định trong Hiệp định, nhưng để được áp dụng các điều khoản tránh đánh thuế hai lần, các đối tượng có liên quan phải thực hiện thủ tục "đề nghị áp dụng Hiệp định..." và chờ đợi việc xem xét và chấp thuận từ cơ quan thuế trong một thời gian rất lâu. Điều này đã gây nhiều khó khăn cho các đối tượng nộp thuế. Một số tổ chức, cá nhân trong nhiều trường hợp do nản lòng nên đã chấp nhận nộp thuế mà không thực hiện việc xin miễn, giảm thuế theo Hiệp định.