Nghị định cũng quy định xử phạt với những vi phạm quy định về nhập khẩu phân bón; vi phạm quy định về công bố tiêu chuẩn áp dụng, chứng nhận hợp quy và công bố hợp quy phân bón; vi phạm quy định về lấy mẫu và phân tích phân bón;

Các hành vi vi phạm hồ sơ đăng ký khảo nghiệm phân bón mới, vi phạm quy định khảo nghiệm phân bón mới; đổi tên, quy định công nhận, chỉ định người lấy mẫu phân bón, kiểm nghiệm cũng bị xử phạt.

Theo quy định của Nghị định, mức xử phạt cao nhất đối với hành vi sản xuất, gia công phân bón giả có giá trị tương đương với hàng thật. Mức xử phạt cao nhất cho hành vi vi phạm là từ 120 triệu đồng đến 150 triệu đồng; mức xử phạt thấp nhất là 1 triệu đồng.

Cá nhân, tổ chức có hành vi vi phạm phải tiêu hủy phân bón giả hoặc buộc tái xuất đối với phân bón nhập khẩu, đồng thời phải chịu toàn bộ chi phí tiêu huỷ hay tái xuất.

Với các hành vi vi phạm hành chính về sản xuất, gia công, kinh doanh phân bón giả, nếu có giá trị tương đương 30 triệu đồng trở lên có dấu hiệu tội phạm thì phải chuyển hồ sơ cho cơ quan tố tụng hình sự có thẩm quyền để truy cứu trách nhiệm hình sự.