Khi doanh nghiệp xuất khẩu thuỷ sản qua thị trường Nhật Bản, doanh nghiệp phải cung ứng nguồn nguyên liệu mẫu để phía Nhật Bản kiểm tra chất lượng, mất nhiều thời gian, trong khi hàng chế biến có thời hạn sử dụng ngắn ngày gây khó khăn cho doanh nghiệp. Mặt khác, khi doanh nghiệp đưa hàng mẫu đi kiểm tra… đã đội chi phí lên rất cao, dẫn đến các đơn hàng bị đình trệ không còn lãi.
Bên cạnh đó, xuất hiện 4 thị trường có các rào cản kỹ thuật khắt khe đối với các sản phẩm thuỷ hải sản có xuất xứ từ Việt Nam. Ngoài Nhật Bản, Mỹ, Nga, Australia còn có Đài Loan. Nhiều doanh nghiệp xuất khẩu thuỷ sản đã “mất ăn mất ngủ” trước những thông tin các đoàn kiểm tra của các nước nhập khẩu kiểm tra điều kiện vệ sinh môi trường chế biến thuỷ sản xuất khẩu Việt Nam.
Mặc dù vậy, tính tới thời điểm hiện nay thị trường xuất khẩu thuỷ sản Việt Nam vào EU lại đang tăng mạnh, tăng 26,8% so với cùng kỳ và chiếm 25% tổng kim ngạch xuất khẩu của cả nước,t iếp theo là Hoa Kỳ, Hàn Quốc… Về năng lực chế biến, các doanh nghiệp đã đầu tư xây dựng mới, nâng cấp, mở rộng, đổi mới thiết bị theo hướng tăng cường chất lượng và đa dạng hoá sản phẩm chế biến.
Xuất khẩu thuỷ sản những tháng cuối năm sẽ rất thuận lợi, nhưng sẽ đứng trước 3 thách thức lớn: an toàn vệ sinh thực phẩm, chế biến thiếu nguồn nguyên liệu an toàn và cạnh tranh gay gắt cả đầu vào lẫn đầu ra. Do đó, để giữ vững thị trường xuất khẩu cho những tháng cuối năm và tạo đà cho những năm tiếp theo, yêu cầu đặt ra cho ngành thuỷ sản là làm sao quản lý được chất lượng thuỷ sản trong nước, ngay từ khâu nuôi trồng, đánh bắt, sơ chế và chế biến… Vì vậy, các cơ quan chức năng cần phối hợp kiểm tra, có qui định chế tài nghiêm khắc đối với các đơn vị vi phạm là rất cần thiết để giữ nghiêm chất lượng thuỷ hải sản xuất khẩu.