Theo đó, ngay sau khi Hiệp định hợp tác kinh tế Việt Nam - Nhật Bản có hiệu lực, các mặt hàng nông lâm thủy sản sẽ được ưu đãi thuế khi xuất khẩu sang Nhật, đặc biệt mặt hàng tôm sẽ không phải nộp thuế. Các mặt hàng công nghiệp như máy móc thiết bị, hàng dệt may, da giày, đồ gỗ cũng không bị đánh thuế 90% giá trị thương mại.

Thứ trưởng Nguyễn Thành Biên cho biết, hiện nay Nhật Bản đứng thứ hai trong hợp tác kinh tế nước ngoài của Việt Nam với kim ngạch năm 2008 đạt 16,8 tỉ USD, trong đó hàng Việt Nam xuất khẩu vào Nhật chiếm 40%. Nhưng 2 tháng đầu năm 2009, kim ngạch xuất khẩu vào Nhật giảm, chỉ bằng 35,8% cùng kỳ năm 2008. Vì vậy việc cắt giảm thuế cho nhiều sản phẩm Việt Nam theo thỏa thuận sau đàm phán của Hiệp định hợp tác kinh tế Việt Nam - Nhật Bản (năm 2008) sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp hai nước trong bối cảnh kinh tế toàn cầu hiện nay.