Từ trước tới nay, vấn đề quyền sở hữu trí tuệ (SHTT) đối với các dự án phần mềm (DAPM) ứng dụng sử dụng vốn đầu tư ngân sách vẫn bị coi nhẹ, có lẽ bởi hàm lượng SHTT trong các PM chưa nhiều. Trong thời gian gần đây, vấn đề này lại rộ lên. Có những khía cạnh tưởng chừng phức tạp, được bàn nhiều, động chạm đến cả Luật SHTT, hóa ra lại giản đơn. Có những vấn đề tưởng hết sức đơn giản hóa ra lại phức tạp, đến mức chính những diễn giả về quyền SHTT PM lại bị rầy rà bởi những sơ suất rất ngây thơ. Trước hết là việc tranh chấp SHTT PM giữa công ty và LTV. Lấy cớ là trong Luật SHTT quy định tác giả của sản phẩm sáng tạo (như PM) có quyền sở hữu với tác phẩm của họ, một số kỹ sư PM rời khỏi công ty cuỗm theo mã nguồn, đàng hoàng sử dụng nguyên xi với thương hiệu mới để cạnh tranh với công ty cũ. Như thế cũng còn khá, công ty cũ lại không có quyền phát triển nâng cấp PM như công ty mới của các "tác giả”, vì chỉ tác giả mới có quyền thay đổi tác phẩm.
Như vậy thì ai dám phát triển PM? Vấn đề này thực ra không khó giải quyết. Trên thế giới, các kỹ sư PM trước khi vào làm việc đều phải cam kết trao cho công ty quyền SHTT của bất cứ giá trị nào làm ra trong công ty. Đây là một hợp đồng kinh tế giản đơn và chấm hết mọi phiền toái. Theo hợp đồng này thì không chỉ PM, các bản thiết kế, các tờ giấy nháp, thư điện tử cho đến... thơ tình làm trong giờ làm việc hay tài sản vô hình do trò chơi điện tử mang lại trong sở đều thuộc về công ty.
Về lý, điều này không có gì mâu thuẫn với các luật quy định về quyền tác giả vì tác giả có quyền ủy nhiệm người khác soạn thảo ra một tác phẩm trên cơ sở ý tưởng của mình (tất nhiên phải có hợp đồng kinh tế đàng hoàng). Rất nhiều tác giả không thạo tiếng Anh đều đã có những tác phẩm văn học mang tên mình (như cuốn "Bầu trời và mặt đất" của tác giả Le Ly Hayslip do một người gốc Mỹ viết). Ở Việt Nam, nhiều tác phẩm hồi ký nổi tiếng (như "Bất khuất" của Nguyễn Đức Thuận) đều do người khác viết, không có gì mâu thuẫn với luật. Người soạn thảo cuốn sách được đề tên "người ghi" trên bìa hoặc không, hoàn toàn do thỏa thuận cá nhân giữa tác giả và người ghi. Như vậy, một hợp đồng dân sự hay kinh tế hoàn toàn có thể biến các LTV thành những nhà soạn thảo được ủy nhiệm để làm ra tác phẩm. Tương tự, một cô thư ký không thể đòi bản quyền đối với những văn kiện quan trọng của các nhà lãnh đạo.
Trong trường hợp Nhà Nước là bên thuê soạn thảo các PM ứng dụng, vấn đề cũng tương tự như vậy. Hãy thử tưởng tượng, các PM có ý nghĩa an ninh quốc phòng bị các "tác giả” tung ra thị trường và được luật pháp bảo hộ như các "tác phẩm"! Vấn đề này chưa được quan tâm nhiều trong các DAPM ứng dụng sử dụng vốn ngân sách do trong nước chưa đủ sức làm ra những PM đặc biệt có giá trị. Ít có ai quan tâm đến điều khoản thỏa thuận về quyền SHTT trong hợp đồng giữa chủ đầu tư và nhà cung cấp. Chủ đầu tư nhà nước không quan tâm đến SHTT vì chẳng biết dùng nó làm gì. Do đó, các nhà cung cấp cứ tự nhiên coi như quyền SHTT thuộc về mình cho đến khi có các LTV láu cá đem "gậy ông đập lưng ông".
Đề Án 112 khi ký hợp đồng PM với các nhà phát triển đều có điều kiện bắt buộc về quyền SHTT của toàn bộ PM đó thuộc về mình. Đề Án 112 giữ quyền sở hữu đó rõ ràng không có động cơ kinh tế mà hoàn toàn là một biện pháp an toàn và thuận lý: Nhà Nước đã bỏ tiền ra ủy nhiệm cho các "soạn thảo viên" làm thì giữ quyền tác giả để còn thay đổi, nâng cấp là hợp lý.
Tuy nhiên, vấn đề không giản đơn như vậy và gây ra những vụ phiền toái khác. Trong thực tế, cụm từ "toàn bộ PM" có một ý nghĩa rất mờ. Ngày nay PM thường sử dụng công nghệ lõi của các công ty khác, hoặc là các PM lõi được sử dụng lại, hoặc các PM mã nguồn mở không thể chuyển giao quyền sở hữu. Cam kết trao toàn bộ PM ứng dụng cho Đề Án 112, các công ty có nguy cơ trao quyền sở hữu những tài sản không thuộc về mình, hoặc bán những tài sản đã bị bán nhiều lần.
Như vậy, trong các hợp đồng thuê phát triển PM phải xác định rõ các PM nền mà sản phẩm mới sử dụng để phát triển (phần này chắc không thể tính theo giá phát triển được, mà phải theo giá hàng hóa). Phần xây dựng mới sẽ được định giá theo chi phí phát triển. Tuy nhiên, các hợp đồng thuê doanh nghiệp phát triển cũng phải xác định rõ các điều khoản sau đây:
1. Nếu chi phí phát triển được thanh toán 100%, quyền SHTT sẽ phải thuộc về nhà nước. Các hợp đồng này thường được gọi là hợp đồng chìa khóa trao tay (turn-key).
2. Trong trường hợp nhà cung cấp giữ toàn bộ quyền SHTT chỉ bán cho nhà nước quyền sử dụng, PM phải được coi là hàng hóa. Rõ ràng nhà cung cấp phải xem chi phí phát triển là đầu tư dài hạn của mình và nhằm vào nhiều khách hàng.
3. Chủ đầu tư thường muốn xem mặt hàng trước khi mua. Các nhà cung cấp lại muốn có hợp đồng rồi mới đầu tư phát triển, và vẫn muốn giữ quyền SHTT. Để giải quyết mâu thuẫn này, quyền phát triển cũng cần được xác định trong hợp đồng. Như vậy Nhà Nước vẫn có thể yêu cầu được giữ quyền phát triển để không phụ thuộc vào nhà cung cấp. Nhà cung cấp vẫn có thể tạo ra các sản phẩm có chất lượng ngày một cao dựa trên một công nghệ lõi được tái sử dụng.
4. Để xác định quyền lợi của người có quyền SHTT cần phải có điều kiện xác định các khoản chi phí: phí sử dụng(use-license fee), phí phát triển (development-license fee) và khoản ăn chia (royalty). Phí sử dụng là khoản phải trả cho chủ sở hữu để được sử dụng PM. Nhiều nhà cung cấp hàng đầu trên thế giới áp dụng chính sách không bán đứt quyền sử dụng mà chỉ "cho thuê” đối với các PM cần hỗ trợ nhiều và nâng cấp liên tục. Ví dụ, Microsoft cũng có chính sách phí sử dụng hàng năm đối với PM MS Office. Phí phát triển là khoản phải trả (thường là một lần) cho chủ sở hữu để được quyền phát triển PM. Khoản ăn chia là khoản phải trả cho chủ sở hữu cho mỗi phiên bản PM mà người phát triển bán được. Các khoản tiền này sẽ theo thoả thuận giữa chủ sở hữu và người phát triển PM.
Như vậy, những khó khăn hiện tại về phân chia quyền SHTT có thể giải quyết giản đơn bởi các hợp đồng kinh tế trong khuôn khổ của luật pháp hiện hành. Tuy nhiên, Bộ Bưu Chính Viễn Thông cần có văn bản hướng dẫn về vấn đề này để các chủ đầu tư nhà nước có cơ sở lập các hợp đồng phát triển PM. Một mặt, các SHTT sẽ có thể được nhà nước tích lũy để phát triển chất lượng sản phẩm, thị trường kinh doanh SHTT [Xem bài "Tạo vốn cho quỹ phát triển CNTT" trên TGVT series B tháng 3/2006]. Mặt khác, SHTT sẽ không bị các cơ quan nhà nước giữ chặt (do không có động lực sử dụng tích cực), cản trở việc đưa vào thị trường.