Nhật đang được xem là đối tác thương mại lớn thứ ba của Việt Nam với kim ngạch đạt trên 15 tỷ USD trong năm 2008 và là thị trường xuất khẩu lớn thứ hai của Việt Nam với kim ngạch xuất khẩu năm 2008 đạt 8,5 tỷ USD.
Thứ trưởng Bộ Công thương Nguyễn Thành Biên cho biết do tình hình kinh tế suy giảm nên hai tháng đầu năm 2009, xuất khẩu của Việt Nam sang Nhật chỉ đạt 850 triệu USD, giảm 35,8% so với cùng kỳ năm trước. Tuy nhiên, tiềm năng xuất khẩu của nước ta sang Nhật còn rất lớn. Lý do, hiện hàng xuất khẩu của Việt Nam ngày càng được ưa chuộng nhưng thị phần mới đạt xấp xỉ 1,19% tổng kim ngạch nhập khẩu của Nhật. Vì vậy, việc ký kết hai hiệp định AJCEP và VJEPA sẽ mở ra cơ hội làm ăn cho doanh nghiệp hai nước.
Hiện một số mặt hàng thủy sản của Việt Nam giữ vị trí khá quan trọng tại Nhật như tôm đang chiếm thị phần nhập khẩu tới 23%, đạt giá trị 450 triệu USD/năm; xuất khẩu mực chiếm thứ năm thị phần khi đạt hơn 92 triệu USD/năm. Đáng chú ý, trong khuôn khổ hiệp định AJCEP và VJEPA, thuế suất mặt hàng tôm Việt Nam vào Nhật chỉ ở mức 0%. Ngoài ra, một số mặt hàng khác có triển vọng xuất khẩu sang Nhật trong thời gian tới phải kể đến thực phẩm chế biến, sản phẩm chế biến từ thịt heo, rau quả và hoa tươi... Nhiều khả năng doanh nghiệp Việt Nam sẽ nối lại việc xuất khẩu thanh long sang Nhật trong năm nay.
Tuy nhiên, điểm yếu của doanh nghiệp Việt Nam là chưa nắm bắt thông tin và tìm hiểu biết tập quán coi trọng chữ tín trong làm ăn kinh doanh của người Nhật. Chính điều này khiến cho việc thâm nhập, mở rộng thị trường của doanh nghiệp Việt Nam còn nhiều hạn chế.
Với việc ký kết hai hiệp định trên, đòi hỏi doanh nghiệp Việt Nam muốn xuất khẩu hàng vào Nhật càng phải tuân thủ khắt khe các điều kiện về kỹ thuật và vệ sinh an toàn thực phẩm.