Đi liền với các vùng sản xuất tập trung, cả nước hiện có khoảng 400 nghìn cơ sở chế biến nông, lâm, thủy sản. Ngành công nghiệp chế biến có bốn phân ngành chính là: chế biến lương thực, thực phẩm và đồ uống; chế biến thuốc lá, thuốc lào; chế biến gỗ và lâm sản; sản xuất giấy và các sản phẩm về giấy. Các đơn vị, cơ sở chế biến đã thu hút hơn 1,75 triệu lao động. Công nghiệp chế biến nông, lâm, thủy sản ngày càng khẳng định vai trò, vị trí của mình trong sự nghiệp CNH, HÐH nông nghiệp, nông thôn, trong đó nổi bật là các ngành: lúa gạo, cà-phê, chè, cao-su, đường, thủy sản đông lạnh, sữa...
Mặc dù vậy, sản phẩm nông nghiệp Việt Nam tuy chất lượng tốt, nhưng giá trị xuất khẩu chưa cao, chủ yếu do khâu chế biến, bảo quản chưa tốt, dẫn tới tình trạng khó tiêu thụ sản phẩm, ảnh hưởng đến đời sống nông dân. Ngay từ bước đầu, trong công tác quy hoạch, đầu tư chưa có sự gắn kết chặt chẽ giữa sản xuất - chế biến - tiêu thụ. Một số nơi xây dựng nhà máy nhưng thiếu vùng nguyên liệu.
Ngược lại, có những vùng nguyên liệu được đầu tư, ứng vốn chi phí rất tốn kém nhưng khi nguyên liệu được thu hoạch, lại phải... chờ nhà máy. Cũng đã có nhiều bài học đắt giá cho không ít dự án mang tính "phong trào", như mía đường, bò sữa, cà-phê, hồ tiêu phát triển không theo quy hoạch; nóng vội, chủ quan khi chuyển lúa sang nuôi tôm, không tính đến khả năng đáp ứng của hệ thống thủy lợi, v.v.
Ngành công nghiệp chế biến nông, lâm, thủy sản được xác định là có lợi thế cạnh tranh hàng đầu trong các ngành công nghiệp của đất nước ta. Trong những năm tới cần phấn đấu tăng nhanh tỷ lệ sản phẩm nông nghiệp được chế biến, với những thương hiệu có uy tín, đáp ứng nhu cầu trong nước, thay thế hàng nhập khẩu và có một phần xuất khẩu. Việc quy hoạch vùng nguyên liệu và quy hoạch đầu tư phát triển công nghiệp chế biến nông, lâm, thủy sản phải được tiến hành đồng bộ. Tập trung nghiên cứu, ứng dụng các công nghệ sơ chế quy mô nhỏ và vừa, công nghệ bảo quản sau thu hoạch, công nghệ chế biến tiên tiến, nhằm nâng cao chất lượng và sức cạnh tranh của hàng hóa, đặc biệt là các sản phẩm có lợi thế và triển vọng xuất khẩu như gạo, cà-phê, chè, cao-su, hoa quả, dầu thực vật...
Phát triển công nghiệp chế biến nông, lâm, thủy sản là cơ hội lớn để tăng nhanh giá trị hàng hóa, giúp nông dân thoát nghèo, làm giàu. Ði đôi với phát triển công nghiệp chế biến, chúng ta luôn luôn quan tâm bảo vệ môi trường sinh thái để bảo đảm phát triển nhanh, bền vững, hiệu quả.