Cảng Cát Lái: Theo số liệu thông kê, 10 tháng đàu năm 2007, lượng thủy sản được thông quan tại cảng Cát Lái đạt 345,1 nghìn tấn với trị giá đạt 1,42 tỷ USD, chiếm 45,97% về lượng và 46,73% về trị giá xuất khẩu thủy sản của Việt Nam. Trong đó có 556 doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản của Việt Nam thông quan qua cảng bỉên này.
Cảng Vict: Lượng thủy sản được thông quan qua cảng Vict 10 tháng năm 2007 đạt 147,67 nghìn tấn với kim ngạch đạt 768,1 triệu USD. Có 385 doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản của Việt nam thông qua cảng này. Trong đó đứng đầu là công ty cổ phần Nam Việt chiếm 11,69% về lượng và 5,32% về kim ngạch thông quan thủy sản của Việt Nam tại cảng này.
Tân Cảng: Là cảng biển xuất khẩu thủy sản lớn thứ 3 của Việt Nam, với kim ngạch xuất khẩu thủy sản 10 tháng đạt 224,05 triệu USD với lượng xuất khẩu đạt 78,24 nghìn tấn. Có 104 doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản qua cảng biển này. Trong đó đứng đầu là Cty cổ phần Nam Việt chiếm 53,14% về lượng và 40,46% về kim ngạch.
Tân Sơn Nhất cảng hàng không lớn nhất: Kể từ đầu năm đến hết tháng 10 thì lượng thủy sản được thông quan bằng đường hàng không đạt 6,55 nghìn tấn với trị giá đạt 45,23 triệu USD. Tại ba sân bay chính là Tân Sơn Nhất, Nội Bài và Đà Nẵng. Đứng đầu là Tân sơn nhất với lượng xuất khẩu đạt 6,53 nghìn tấn với kim ngạch đạt 44,9 triệu USD. 10 tháng 2007 có 135 doanh nghiệp thông quan xuất khẩu thủy sản qua sân bay Tân Sơn Nhất đứng đầu là Cty TNHH Gia công chế biến Thực phẩm nông hải sản Tường Hữu.
Móng Cái: 10 tháng năm 2007, xuất khẩu thủy sản của Việt Nam qua cửa khẩu Móng Cái đạt 4,1 nghìn tấn, với kim ngạch đạt 14,7 triệu USD, chiếm 0,54% về lượng và 0,48% về kim ngạch xuất khẩu thủy sản của Việt Nam. Có 48 doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản qua cửa khẩu.
Như vậy, xuất khẩu thủy sản của Việt Nam chủ yếu được thông quan qua các cửa khẩu quốc tế (Cảng biển, cảng hàng không), số ít được xuất khẩu sang các nước khác như Trung Quốc, Lào, Campuchia bằng các cửa khẩu quốc gia.