Sau khi đưa nguyên liệu là cà phê nhân R2 (độ ẩm 13%, tạp chất 1%, đen vỡ 5%, hạt trên sàng 13 đạt 90%) tương đương 270 lỗi với số lượng 5.038 kg vào chế biến thì thu hồi được 4.121 kg loại cà phê R2A - 120 lỗi (tương ứng TCVN 4193-2005), tỷ lệ thu hồi đạt 81,8%. Hao hụt trong quá trình chế biến là 0,6%; còn cà phê thứ phẩm là 887 kg, tỷ lệ 17,6%. Tổng chi phí cho quá trình chế biến bình quân 129,7 USD/tấn.
Tương tự, đưa 5.040 kg cà phê R2 (270 lỗi) vào chế biến thành loại R2B - 150 lỗi thì thu hồi được 4.348 kg (tỷ lệ 86,27%); cà phê thứ phẩm là 675 kg (13,39%); chi phí chế biến 101,5 USD/tấn.
Như vậy, giá thành chế biến 1 tấn cà phê R2 - 270 lỗi để cho ra loại R2A - 120 lỗi hoặc R2B - 150 lỗi mất từ 100 đến 130 USD, trong khi giá bán cao hơn cà phê R2 bình thường chỉ từ 30 - 40 USD/tấn.
Nhưng điều quan trọng hơn, là người ta sẽ làm gì với lượng cà phê thứ phẩm, ước tính khoảng 15%? Sản lượng cà phê Việt Nam mỗi năm gần 1 triệu tấn, nếu chế biến theo TCVN 4193-2005 thì cà phê thứ phẩm sẽ có khoảng 150.000 tấn. Ở các nước sản xuất cà phê đồng thời cũng có lượng tiêu thụ nội địa lớn thì cà phê thứ phẩm được tận dụng vào công nghiệp thực phẩm, bánh kẹo, nước giải khát... Còn ở Việt Nam các ngành công nghiệp sử dụng nguyên liệu cà phê còn chưa phát triển nên việc xử lý lượng cà phê thứ phẩm vẫn là bài toán chưa có lời giải.
Nhiều ý kiến của các cơ quan quản lý cho rằng doanh nghiệp xuất khẩu cà phê không quyết tâm thực hiện việc nâng cao chất lượng cà phê xuất khẩu theo TCVN 4193-2005. Thực tế, doanh nghiệp đã gặp khó khăn khi triển khai áp dụng tiêu chuẩn này. Cái khó lớn nhất nếu chế biến cà phê theo TCVN 4193-2005 thì rõ ràng doanh nghiệp không có lợi nhuận. Lý do chính là ít có nhà nhập khẩu nào chịu mua cà phê R2A và R2B theo tiêu chuẩn TCVN 4193-2005, hoặc mua với giá thấp hơn giá thành sản xuất từ 70 - 90 USD/tấn. Gần như các nhà nhập khẩu chỉ mua sản phẩm R2 để đưa về chế biến, phân loại lại để bán trên các thị trường kỳ hạn với giá cao hay thấp tùy chất lượng. Hiện cà phê theo TCVN 4193-2005 xuất khẩu được chỉ chiếm khoảng 1,5% sản lượng.
Giám đốc Chi nhánh Cafecontrol tại Tây Nguyên, cho rằng: TCVN 4193-2005 có ý nghĩa tích cực là góp phần cải thiện bộ mặt chất lượng cà phê Việt Nam, nhưng để thực hiện hiệu quả phải có lộ trình cụ thể và trước hết phải bắt đầu từ khâu kiểm soát chất lượng sản phẩm của người trồng cà phê. Hơn 80% cà phê Việt Nam là do người nông dân trồng, nếu chỉ có doanh nghiệp xuất khẩu "làm chất lượng" thì mới ở phần ngọn. Hiện chỉ có khoảng 15 - 20% doanh nghiệp là có đủ máy móc, trang thiết bị chế biến cà phê đáp ứng tiêu chuẩn TCVN 4193-2005.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã thống nhất chốt thời hạn áp dụng thông quan đối với cà phê đạt chất lượng TCVN 4193-2005 là từ tháng 1.2009. Nhiều câu hỏi được đặt ra: Liệu một năm có đủ để người trồng cà phê tự cải thiện chất lượng "phần gốc" trước khi sản phẩm đến tay doanh nghiệp xuất khẩu? Và ai sẽ giúp nông dân nâng cao chất lượng cà phê đạt tiêu chuẩn mới? Lượng cà phê thứ phẩm, sau khi chế biến theo TCVN 4193-2005, chiếm một tỷ lệ lớn thì sẽ tiêu thụ vào đâu?