Về đại thể, gia nhập WTO, nông nghiệp và nông dân Việt Nam sẽ có nhiều điều kiện phát triển khá hơn. Song, sẽ có một số nhóm ngành không tránh khỏi tổn thương. Trong đó, ngành chăn nuôi sẽ gặp những thách thức lớn vì năng lực cạnh tranh còn quá thấp. Thứ nhất, năng suất, chất lượng, giá cả sản phẩm chăn nuôi trên thị trường nội địa Việt Nam đều có mức cạnh tranh thấp hơn so với quốc tế. Theo đánh giá của một số cơ quan nghiên cứu, năng suất sản xuất chăn nuôi của Việt Nam hiện nay thấp hơn 30% so với thế giới.
Thứ hai, trong môi trường WTO, ngành chăn nuôi Việt Nam sẽ phải đối mặt với trợ cấp phát triển cho ngành này của các nước giàu. Ví dụ, một con bò của EU được hưởng trợ cấp một ngày là 2,62 USD nhiều hơn cả thu nhập của bình quân của người nông dân Việt Nam. Như vậy, sản phẩm chăn nuôi Việt Nam sẽ phải cạnh tranh với sản phẩm của các nước giàu có trình độ phát triển chênh lệch quá lớn. Ngay như với những nước không còn dùng trợ cấp chăn nuôi như Australia, hoặc New Zealand… thì ngành chăn nuôi Việt Nam cũng sẽ phải đương đầu với hệ thống sản xuất rất tân tiến và hiệu quả của họ.
Thứ ba, Việt Nam sẽ không được tiếp cận với cơ chế tự vệ đặc biệt để chống lại những đột biến về nhập khẩu cho những mặt hàng chăn nuôi (thịt lợn, thịt bò…). Khi mở cửa thị trường mạnh, sản phẩm chăn nuôi nhập khẩu sẽ có tác động đến giá của các mặt hàng cùng loại trong nước. Trong khi trình độ sản xuất chăn nuôi của Việt Nam còn quá thấp, đặc biệt là của nhóm người nghèo sẽ phải đối mặt với một cuộc cạnh tranh không cân sức.
Thứ tư, cam kết hội nhập Việt Nam phải cắt giảm trợ cấp nông nghiệp, trong đó có trợ cấp ngành chăn nuôi, cắt giảm thuế quan… sẽ có tác động ảnh hưởng đến những người chăn nuôi nghèo. Mặc dù việc sử dụng trợ cấp nông nghiệp hiện tại của Việt Nam còn có nhiều điểm bất cập, không hiệu quả, song không có nghĩa là những chính sách hỗ trợ, đặc biệt là hỗ trợ nông dân nghèo chăn nuôi lại không cần thiết nữa khi hội nhập với WTO.