Ở nước ta rau quả một trong những ngành hàng có tiềm năng xuất khẩu lớn nhưng hiện trạng xuất khẩu rau quả của Việt Nam vẫn còn nhiều khó khăn. Nguyên nhân là chi phí vận chuyển tăng cao, phương tiện vận chuyển và bảo quản còn nhiều yếu kém gây ảnh hưởng đến chất lượng và tiêu chuẩn, giá thành không có tính cạnh tranh, không đủ khối lượng cung ứng theo nhu cầu, không có thương hiệu, chất lượng không cao và không đồng đều, phương thức thanh toán không linh hoạt...

Giá rau quả Việt Nam thường đắt hơn so với rau quả cùng loại của các nước nhiệt đới khác. Trong tháng 12/2001, khi sầu riêng Mongthon hạt lép của Thái Lan giá 0,5 USD/kg, thì sầu riêng trái vụ của ta giá đến 20.000 đ/kg, đắt gấp 3 lần mà chất lượng so với sầu riêng Thái Lan kém hơn. Giá thành chuối tươi xuất khẩu được ở các tỉnh ĐBSCL thường ở mức 115-120 USD/tấn chưa kể bao bì và chi phí khác trong khi giá xuất khẩu FOB trong nhiều nằm tại các cảng của Philippine cũng ở mức 110-115 USD/tấn với khối lượng lớn và đồng đều.

Hơn nữa, các chi phí dịch vụ cho xuất khẩu, nhất là chi phí vận tải của Việt Nam cũng cao hơn hẳn so với các nước trong khu vực. Đơn cử, giá cước vận chuyển tàu thuỷ của Việt Nam cao hơn các nước trong khu vực như Thái Lan, Giá cước vận chuyển container của Việt Nam đến Yokohama năm 2003 là 1470 USD/tấn trong khi từ Thái Lan là 1304 USD/tấn.

Theo kết quả điều tra, 73% sử dụng xe tải bình thường, hơn 11% sử dụng thuyền máy, số còn lại sử dụng các phương tiện chuyên chở khác để vận chuyển rau quả. Chi phí vận chuyển đường dài bằng xe lạnh quá cao, chiếm khoảng 60% chi phí kinh doanh, chưa tính đến thất thoát trong vận chuyển. Các hình thức vận chuyển khác chưa phổ biến, cước phí hàng không cao nhất khu vực.

Việc ứng dụng công nghệ sản xuất tiên tiến được cải thiện đáng kể trong những năm gần đây. Các tiến bộ này bao gồm các lĩnh vực: Thay đổi cơ cấu giống, đa dạng hoá sản phẩm; ứng dụng kỹ thuật nuôi cấy mô trong nhân giống để cải thiện chất lượng giống; áp dụng các biện pháp kỹ thuật canh tác và bảo vệ thực vật tiên tiến; áp dụng công nghệ nhà lưới có mái che sáng, công nghệ tưới tiên tiến. Tuy nhiên, sự thay đổi này diễn ra không đồng đều giữa các vùng sản xuất vì nhiều lý do (khí hậu thời tiết, trình độ thâm canh, khả năng đầu tư, khả năng tiếp cận kỹ thuật tiến bộ và thị trường…).

Công nghệ và trang thiết bị xử lý sau thu hoạch để trừ côn trùng, vi sinh vật có hại, bảo vệ chất lượng rau quả cũng như công nghệ bảo quản rau quả tươi chưa được ứng dụng rộng rãi. Kho lạnh ít, nhưng phần lớn đặt không đúng chỗ, ít phát huy tác dụng. Công nghệ sau thu hoạch còn rất kém và đã có rất ít tiến bộ kỹ thuật về lĩnh vực này được chuyển giao đến nông dân. Việc thu hoạch, vận chuyển, đóng gói, bao bì và bảo quản không đúng cách làm cho rau quả bị hư hỏng nhiều (trên 20%). Một số công nghệ bảo quản rau quả tươi mới chỉ dừng ở mức độ áp dụng thử nghiệm nên Việt Nam mới xuất khẩu được số lượng ít trái cây tươi bằng tàu thuỷ sang một số nước châu á gần Việt Nam và một số rất ít trái cây bằng máy bay sang một số nước châu Âu.

Do những hạn chế về công nghệ bảo quản sau thu hoạch đối với rau quả tươi nên giá rau quả trái vụ thường cao hơn rất nhiều lần so với chính vụ. Do hạn chế về công nghệ xử lý sau thu hoạch nên hầu hết trái cây Việt Nam bị ruồi đục quả, một loại dịch hại cây trồng và là đối tượng kiểm dịch của các nước có nhu cầu lớn về trái cây nhiệt đới như Hoa Kỳ, Nhật Bản, Australia, New Zealand, Hàn Quốc,... Các nước này bắt buộc quả tươi phải qua xử lý diệt ruồi đục quả bằng công nghệ hiện đại mới cho nhập khẩu. Trong những năm gần đây, vấn đề ruồi đục quả là một trong những nguyên nhân chính làm giảm đáng kể lượng xuất khẩu thanh long tươi sang thị trường Đài Loan và Singapore.

Quy mô sản xuất nhỏ cũng ảnh hưởng đến việc áp dụng khoa học công nghệ. Hầu hết những cơ sở sản xuất hoa cắt cành ở nước ta còn ở quy mô nông hộ nhỏ, tổ chức sản xuất đơn lẻ, với diện tích trung bình từ 2.000 đến 3.000 m2 /hộ. Hộ sản xuất hoa lớn cũng chỉ từ 1 đến 2 ha. ở quy mô sản xuất này không thể áp dụng những kỹ thuật tiến bộ để đưa ngành sản xuất hoa trở thành sản xuất công nghiệp. Nguyên nhân là do không có đủ điều kiện đầu tư cơ sở hạ tầng để ứng dụng các công nghệ cao vào sản xuất. Bản thân các công nghệ cao đòi hỏi mức đầu tư lớn (nhà kính, nhà lưới, sân bãi, mặt bằng, dây chuyền chế biến, bảo quản vận chuyển lạnh,…) và cần có quy mô sản xuất tương xứng.

Việc phát triển các sản phẩm chất lượng cao, đáp ứng được yêu cầu khắt khe của các thị trường nhập khẩu còn khá hạn chế. Các loại trái cây như xoài cát Hòa Lộc, sầu riêng Chín Hóa, bưởi da xanh, bưởi năm roi, nhãn xuồng cơm vàng... đều là những loại trái cây đặc sản nổi tiếng của Việt Nam, có chất lượng thơm ngon và được nhiều người tiêu dùng ưa chuộng. Đây là một lợi thế cạnh tranh rất lớn. Thế nhưng khả năng cung cấp cho thị trường của những loại trái cây này rất hạn chế, không đủ đáp ứng nhu cầu.

Nguyên nhân dẫn đến sự không ổn định của xuất khẩu trên là do quy hoạch vùng trồng rau, quả chưa có trọng tâm, chưa tập trung tối ưu để tạo ra những vùng sản xuất có tính cạnh tranh. Số vùng chuyên canh còn quá ít. Do vậy, sản phẩm thu hoạch rải rác, trong khi khách hàng cần lượng lớn, thời gian giao hàng ngắn vì vậy khó có thể thu gom đủ. Ngoài ra, do giống và quy trình chăm sóc không đồng đều, nguồn nguyên liệu lại không ổn định cũng là một nguyên nhân gây ảnh hưởng đến chất lượng chế biến.