Hiện nay, các doanh nghiệp có thể báo hiểm hàng qua thư điện tử hoặc fax cho Trung tâm vùng 5, trong đó nêu rõ đề nghị được cấp giấy chứng nhân chất lượng tại Trung tâm vùng 6 (TP Cần Thơ) hoặc Trung tâm vùng 4 (TP Hồ Chí Minh). Trung tâm vùng 4 hoặc 6 theo yêu cầu của doanh nghiệp, để các Trung tâm vùng này cấp giấy chứng nhận chất lượng thuỷ sản cho doanh nghiệp. Đối với việc kiểm tra lô hàng thuỷ sản xuất khẩu vào Nhật Bản, doanh nghiệp có thể gửi e-mail hoặc fax đến Trung tâm vùng xác nhận. Trung tâm vùng sẽ gửi kết quả xác nhận bằng fax hoặc e-mail cho cơ quan Hải quan để xem xét mở thủ tục thông quan.

Riêng đối với kiến nghị chấp thuận bản fax kiểm tra chất lượng thuỷ sản của Trung tâm vùng thay cho bản gốc để mở thủ tục thông quan, Tổng cục Hải quan cho rằng: trong trường hợp có lý do chính đáng, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan có quyền gia hạn thời gian nộp bản gốc thông báo kết quả kiểm tra chất lượng của Trung tâm vùng. Cá doanh nghiệp xuất khẩu thuỷ sản trực tiếp đề nghị bằng văn bản (kèm theo bản fax của Trung tâm vùng) với Chi cục trưởng Chi cục Hải quan để được giải quyết thủ tục xuất khẩu lô hàng theo quy định.