Việc Việt Nam phải cạnh tranh với các sản phẩm nông nghiệp của các nước thành viên của WTO cả ở thị trường trong và ngoài nước là điều hiển nhiên. Sản xuất nông nghiệp vẫn lạc hậu, năng suất, chất lượng sản phẩm thấp, chi phí cao và nhất là sự yếu kém của ngành công nghiệp chế biến sẽ là những thách thức rất lớn của nông sản Việt Nam.
Theo cam kết gia nhập WTO, mức thuế nông nghiệp bình quân của Việt Nam sẽ là 21% và lộ trình cắt giảm từ 3 - 7 năm (tùy từng nhóm hàng). Điều đáng chú ý là trong quá trình sản xuất, sản phẩm nông nghiệp Việt Nam phải có chứng chỉ an toàn để chứng minh mặt hàng này luôn đảm bảo an toàn vệ sinh, chẳng hạn như chứng chỉ xác định nguồn gốc giống (chứng chỉ xác nhận giống không thuộc loại cây biến đổi gen), chứng chỉ báo cáo chất lượng (hàm lượng protein, chống oxy hóa...).
Đây thực sự là một trở ngại cho các nhà sản xuất, xuất khẩu hàng nông sản Việt Nam. Bởi, cách làm, cách tiếp cận thị trường nước ngoài của hàng nông sản Việt Nam từ trước đến nay vẫn theo kiểu truyền thống là chủ yếu, chưa có được những quy trình kiểm định nghiêm ngặt. Tuy nhiên, xét trên bình diện bền vững thì chính những thách thức hôm nay, là cơ hội cho Việt Nam khẳng định mình trong tương lai. Những người có trách nhiệm liên quan đến việc sản xuất, chế biến cũng như xuất khẩu ngành hàng này sẽ phải vận hành công việc của mình bằng tư duy của thời hội nhập.
Theo đánh giá của Bộ NN&PTNT, thị trường xuất khẩu nông sản của Việt Nam trong những năm qua đã được mở rộng đáng kể. Ngoài các thị trường truyền thống như Trung Quốc, ASEAN, Nga, các nước Đông Âu, hàng hóa nông sản Việt Nam bước đầu đã thâm nhập vào những thị trường đầy tiềm năng và cũng rất khó tính như EU, Mỹ... Các chuyên gia kinh tế nhận định, nếu biết “nuôi dưỡng” thị trường truyền thống và “đột phá vùng đất mới” bằng việc khẳng định thương hiệu, thì xuất khẩu nông sản của Việt Nam sẽ gặt hái được những thành công đáng kể.
Dự báo, trong những năm tới, các thị trường nhập khẩu nông sản của Việt Nam đều có khả năng tăng kim ngạch nhập khẩu. Theo đó, đối với thị trường Trung Quốc, kim ngạch xuất khẩu nông sản của Việt Nam sẽ tăng từ 400 - 500 triệu USD/năm hiện nay lên 700 - 800 triệu USD/năm, gồm các mặt hàng chủ yếu là cao su, hạt điều, tinh bột sắn. Đối với thị trường Mỹ, hiện nay, kim ngạch xuất khẩu hàng nông, lâm sản của chúng ta mới chiếm khoảng 0,4 -0,5% tổng kim ngạch nhập khẩu nông, lâm sản của nước này. Đây thực sự là một con số khiêm tốn so với tiềm năng hiện có của ngành nông sản Việt Nam cũng như nhu cầu nhập khẩu của thị trường Mỹ.
Theo ông William Troy, Công ty Thương mại Toàn cầu (Mỹ) cho biết, sỡ dĩ khả năng thâm nhập thị trường Mỹ của hàng nông sản Việt Nam còn hạn chế, chính là do năng lực cạnh tranh kém. Trong khi đó, kim ngạch xuất khẩu hàng nông sản của Việt Nam sang các nước thuộc khối ASEAN vẫn luôn phập phù, dao động từ 400 - 900 triệu USD/năm với mặt hàng chủ yếu là gạo. Theo dự báo, Hiệp định AFTA sẽ tạo cơ hội để nước ta xuất khẩu cà phê, vật tư, thiết bị phục vụ công nghiệp chế biến sang khu vực này.
Hội nhập kinh tế quốc tế là cả một quá trình lâu dài, ở đó cơ hội và thách thức luôn song hành với nhau. Không có con đường nào khác, nếu muốn thâm nhập thị trường quốc tế, hàng nông sản Việt Nam phải khẳng định được khả năng cạnh tranh của mình. Trách nhiệm đó không chỉ phó thác cho những nhà sản xuất, nhà chế biến, mà còn cả những cơ quan hoạch định chiến lược quốc gia.