Theo Phó Viện trưởng Viện Khoa học Kỹ thuật nông-lâm nghiệp Tây Nguyên thì mặc dù Việt Nam có tốc độ phát triển diện tích tăng nhanh, có năng suất cà phê vào loại cao nhất thế giới, nhưng tình trạng độc canh cây cà phê còn khá phổ biến… Đặc biệt, phần lớn diện tích cà phê đều được trồng bằng hạt do nông dân tự chọn lọc, cùng với tập quán thu hái nhiều quả xanh, cơ sở chế biến được xây dựng không phù hợp với quy mô về sản lượng thu hoạch trong vùng đã khiến chất lượng đã khiến chất lượng cà phê xuất khẩu của Việt Nam không xứng với tiềm năng về chất lượng vốn có của sản phẩm. Chất lượng sản phẩm thấp thể hiện một phần qua giá xuất khẩu, cùng một loại sản phẩm giá cà phê xuất khẩu của Việt Nam luôn thấp hơn các nước khác trong khu vực từ 50-70 USD/tấn, nhiều khi chênh lệch này cao hơn 100 USD.Theo thống kê của Café Control, tỷ lệ cà phê loại I (hạt có kích cỡ trên 6,3 mm) chỉ chiếm khoảng 10% sản lượng xuất khẩu. Hệ thống quản lý chất lượng sản phẩm của Nhà nước còn nhiều bất cập, chưa hoà nhập với tiêu chuẩn quốc tế. Hiện nay, các doanh nghiệp xuất khẩu cà phê của Việt Nam vẫn còn tập quán mua bán sản phẩm theo mẫu với các chỉ tiêu đơn giản như tỷ lệ hạt đen vỡ, độ ẩm hạt và tỷ lệ tạp chất… nên chưa phản ánh đầy đủ bản chất của chất lượng sẩn phẩm.
Việc thu hoạch quả xanh không những làm giảm chất lượng cà phê xuất khẩu mà còn gây thất thu nghiêm trọng về sản lượng mà thông thường nông dân chưa tính toán hết do hạt chưa phát triển đầy đủ. Hậu quả lâu dài của việc thu hái quả cà phê xanh là kéo dần thời vụ thu hoạch vào cuối mùa mưa gây nhiều bất lợi cho chế biến, đồng thời, làm tăng thêm nhu cầu tưới nước trong mùa khô.
Để nâng cao chất lượng của cà phê Việt Nam, ngành cà phê Việt Nam cần sớm có những chính sách vĩ mô nhằm điều chỉnh giá mua sản phẩm, kiên quyết không mua sản phẩm có chất lượng kém từ quả xanh hoặc chỉ mua với giá thấp. Từ năm 2004, Hội đồng Cà phê quốc tế đã quy định, cà phê arabica không được quá 86 lỗi trong một mẫu 300g, cà phê robusta không được quá 150 lỗi trên một mẫu 300g. Hai loại cà phê này phải có hàm lượng ẩm không quá 12,5% và không dưới 8%, đo theo phương pháp ISO 6673. Như vậy, Việt Nam buộc phải phân loại cà phê theo số lỗi, chứ không phải không phải tính phần trăm đen vỡ, tức là phải áp dụng Tiêu chuẩn TCVN 4193:2005 .
Năm 2006, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các tỉnh có trồng cà phê đã thống nhất chỉ đạo nông dân thu hái cà phê chín, bước đầu thu được một số kết quả khả quan. Tuy nhiên ,trong thực tế, các doanh nghiệp thu mua cà phê xuất khẩu mua cà phê chín hay chưa chín đều cùng một giá. Tổ chức cà phê quốc tế nhận định: Nếu bộ tiêu chuẩn TCVN4193:2005 được áp dụng, thì biện pháp mới này sẽ tính lỗi với các loại hạt vỡ, hạt đen ,cà phê loại tạp chất ngoài hạt đen vỡ, cà phê robusta xuất khẩu của Việt Nam sẽ giảm bớt lo lắng về chất lượng.
Đắc Lắc là địa phương có sản lượng cà phê xuất khẩu chiếm 50% sản lượng cà phê xuất khẩu của cả nước. Niên vụ cà phê 2007-2008, các doanh nghiệp thu mua cà phê xuất khẩu trên địa bàn tỉnh Đắc Lắc vẫn “cao bằng” về giá thu mua cà phê.