Nguyên nhân vì quỹ thời gian gấp, công tác chuẩn bị còn bị động, vệc tuyên truyền phổ biến chủ trương trên ở các địa phương chưa đồng bộ, việc chuyển đổi rừng và đất lâm nghiệp sang đất nông nghiệp để trồng cao su cũng bị chi phối nhiều văn bản pháp luật (Luật Đất đai, Luật Bảo vệ và Phát triển rừng, Luật Bảo vệ môi trường cũng như Nghị quyết 66/2006/QH của Quốc hội...)
 
Bên cạnh đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn đã xây dựng và trình Thủ tướng quy hoạch tổng thể phát triển cao su Tây Nguyên nhưng chưa được phê duyệt, các tỉnh Tây Nguyên cũng chưa xây dựng và phê duyệt quy hoạch phát triển cao su của địa phương nên khi triển khai gặp khó khăn.

Cục Trồng trọt cũng yêu cầu các địa phương tiếp tục rà soát lại quỹ đất được quy hoạch trồng cao su trên địa bàn, xây dựng và có kế hoạch trồng mới cho năm 2009. Khi trồng cao su, cần phải thực hiện nghiêm ngặt theo quy trình kỹ thuật trồng mới, chăm sóc và khai thác vườn cây, đảm bảo hiệu quả kinh tế, xã hội và môi trường.
 
Các địa phương cũng cần làm tốt công tác kiểm tra, giám sát việc chuyển rừng tự nhiên sang trồng cao su, có cơ chế thu hút người địa phương, nhất là đồng bào dân tộc thiểu số tham gia dự án.

Ngoài ra, Cục cũng kiến nghị Chính phủ xem xét phê duyệt đề án trồng mới 100 nghìn ha cao su trên địa bàn các tỉnh Tây Nguyên cũng như cho phép kéo dài thời gian của dự án lên năm 2012.
 
Sau 2 năm triển khai, các tỉnh khu vực Tây Nguyên mới thực hiện được 26,2% kế hoạch với 26.257 ha, trong đó Gia Lai trồng mới hơn 9.200 ha, Kon Tum gần 5.700 ha, Đắk Lắk 400 ha.