Tại Thông tư liên tịch, Nhà nước sẽ tăng mức hỗ trợ đối với một số công trình thuộc Chương trình này. Đối với các hộ nghèo, các hộ thuộc các xã đặc biệt khó khăn, vùng đồng bào dân tộc và miền núi, vùng bãi ngang ven biển và hải đảo, xã biên giới, mức ngân sách nhà nước hỗ trợ cho công trình vệ sinh môi trường nông thôn tối đa không quá 1 triệu đồng/hộ (mức cũ: 500 nghìn đồng/hộ). Đối với gia đình thuộc các vùng khác, mức ngân sách nhà nước hỗ trợ tối đa không quá 800 nghìn đồng/hộ (mức cũ: 300 nghìn đồng/hộ). Đối với các hộ nông dân tham gia mô hình xử lý chất thải chăn nuôi, theo quy định mới, Nhà nước tăng mức hỗ trợ từ 400 nghìn đến 600 nghìn đồng/hộ lên mức 1 triệu đồng/hộ.

Ngoài việc hỗ trợ kinh phí xây dựng, Nhà nước sẽ hỗ trợ nâng cấp, mở rộng công trình cung cấp nước sạch, kể cả công trình cấp nước cho trường học, trạm xá, chợ, công trình công cộng và trụ sở UBND xã ở vùng nông thôn; đồn biên phòng và cụm dân cư tuyến biên giới.

Về mức hỗ trợ công trình cung cấp nước sạch tập trung, Nhà nước sẽ hỗ trợ không quá 45% đối với vùng thị trấn, thị tứ; không quá 60% đối với vùng đồng bằng, vùng duyên hải; không quá 75% đối với các vùng nông thôn khác theo dự toán công trình được cấp có thẩm quyền phê duyệt...