Có thể nói,  cá tra, ba sa đã đóng góp rất đáng kể vào sự phát triển kinh tế xã hội nói chung và ngành thủy sản nói riêng của vùng ĐBSCL Nuôi cá tra, ba sa đã mở ra một hướng đi mới cho nghề nuôi trồng thủy sản nước ngọt với rất nhiều lợi thế nổi bật như năng suất cao, thị trường tiêu thụ rộng lớn,... Tuy nhiên, đến nay ĐBSCL vẫn chưa có một quy hoạch tổng thể phát triển nuôi cá tra, ba sa của vùng, gây khó khăn cho việc quản lý, bố trí sản xuất; việc phối hợp liên ngành để thúc đẩy sản xuất phát triển chưa chặt chẽ, vẫn còn hiện tượng chồng chéo giữa các ngành kinh tế; vấn đề dự báo thị trường và truyền đạt thông tin của các cơ quan chức năng đến người sản xuất chưa kịp thời... Đặc biệt, việc liên kết sản xuất giữa người nuôi với DN chế biến tiêu thụ thời gian qua còn nhiều bất cập; hệ thống thủy lợi phục vụ sản xuất ở nhiều nơi còn thiếu... Những bất cập này đã làm nổi lên một vấn đề nghề nuôi cá tra và ba sa vùng ĐBSCL chưa thật ổn định và bền vững... Hệ quả của những vấn đề này, theo thống kê chưa đầy đủ của các ngành hữu quan, vừa qua nhiều hộ nuôi cá tra, cá ba sa ở ĐBSCL thua lỗ hàng tỷ đồng. Ông Lã  Văn Lý - Cục trưởng Cục kinh tế hợp tác và phát triển nông thôn nhận định: "Nhiều người chạy theo mức giá thị trường quên đi chất lượng con cá tra nguyên liệu. Hiện nay, con cá tra nguyên liệu có mức giá tăng quá cao đang chứa nhiều bất ổn". Điều bất ổn ở đây chính là tỷ lệ hao hụt khi nuôi cá tra tăng quá lớn. Nếu như trước đây, tỷ lệ này chỉ khoảng 15 - 20% thì nay đã tăng lên 30 - 50%.  Ông Lý nhấn mạnh: DN và người chăn nuôi cần có sự liên kết hợp tác, đặc biệt là phải chú trọng đến chất lượng và uy tín. Ông cũng bày tỏ băn khoăn việc chưa quy hoạch tổng thể, còn nuôi tự phát như hiện nay sẽ dẫn đến tình trạng thừa. Bởi khi nguồn cung thiếu, thị trường tăng lên và ngược lại sẽ gây khó khăn cho tiêu thụ... Trước những diễn biến của con cá tra trong thời gian vừa qua, ông Lý khẳng định: "Đã đến lúc ngành nông nghiệp và thủy sản phải tham gia kiểm soát chất lượng con giống, thức ăn... đảm bảo tính công bằng giữa người chăn nuôi và nhà sản xuất. Nên hình thành trung tâm sản xuất giống chất lượng cao và phải có xem xét cân đối nguồn cá nguyên liệu trong nước và nhập khẩu để chuẩn bị cho lâu dài".

Gắn kết các bên

Trong tháng 6/2008, ước tính DN xuất khẩu trên 50.000 tấn sản phẩm cá tra chế biến, tăng hơn 65% so với tháng 6/2007. Giá trị xuất khẩu đạt 120 triệu USD, tăng 43% so với cùng kỳ. Mặc dù ngành nuôi và chế biến cá tra xuất khẩu ở ĐBSCL đã và đang phát triển rất nhanh, nhưng lĩnh vực nuôi trồng và chế biến thủy sản lại mang tính tự phát. Nhiều địa phương cùng nhận định: Khi cá tra thương phẩm tăng giá, nông dân đào ao nuôi cá trở thành phong trào; một số doanh nghiệp chế biến cá tra "ăn nên, làm ra" thì có nhiều nhà đầu tư tiếp tục lao vào lĩnh vực này. Những yếu tố tự phát nói trên làm cho ngành nuôi và chế biến cá tra xuất khẩu luôn bấp bênh. Theo ông Nguyễn Ngọc Hải - Chủ nhiệm hợp tác xã Thới An, đề nghị: "Các tỉnh, thành trong vùng ĐBSCL cần hình thành và củng cố các hiệp hội liên quan đến con cá tra. Từ đó, thông qua hiệp hội này gắn kết nhà chế biến, người nuôi để thị trường cá tra không bị biến động, đáp ứng thị trường nước ngoài, nhất là vượt qua những rào cản kỹ thuật chất lượng sản phẩm trong thời gian tới".

Để đạt được chỉ tiêu trên, đến năm 2010,  ĐBSCL phải phát triển 2.121 cơ sở sản xuất giống; xây dựng đạt 68 nhà máy chế biến (16 nhà máy chuyên, 52 nhà máy kết hợp) cá tra, cá ba sa với tổng công suất đạt 798.740 tấn. Qua đó, tạo được việc làm và thu nhập ổn định cho 46.840 lao động trực tiếp và đóng góp vào tổng giá trị kim ngạch xuất khẩu là 600 triệu USD vào năm 2010. Với quy hoạch tổng thể này, các viện, trường và các tỉnh, thành ĐBSCL thống nhất cao trong việc đề xuất sớm hình thành quy hoạch mang tính định hướng cho vùng. Đó là vấn đề về con giống, bảo vệ môi trường, sản xuất và tiêu thụ để con cá tra, cá ba sa ĐBSCL phát triển ổn định và bền vững. Ông Võ Đông Đức - Giám đốc  Cty CASEAMEX nhận định phải gắn kết các thành phần để cùng phát triển. Không nên phát triển cá tra tràn lan nữa mà phát triển có kế hoạch, có hợp đồng bao tiêu. Năm 2007, sản lượng 800.000 tấn cá tra nguyên liệu, năm 2008 dự kiến 1 triệu tấn, nhưng nay ai biết nó sẽ là bao nhiêu? Nên chăng ta có điểm dừng ở sản lượng cá tra nguyên liệu 1,2 hoặc 1,5 triệu tấn cá tra nguyên liệu bằng cách này để con cá tra có nhiều thuận lợi trong phát triển.