Trong thời gian chờ kết quả kiểm dịch, lô hàng phải được cơ quan kiểm dịch động vật niêm phong và chịu sự giám sát chặt chẽ của cơ quan hải quan hoặc của cơ quan kiểm dịch đối với trường hợp được đưa về kho cách ly.
Một quy định mới khá ngặt nghèo đối với doanh nghiệp, đó là nếu các lô hàng không đạt yêu cầu vệ sinh thú y, doanh nghiệp sẽ bị xử phạt hành chính theo quy định của pháp luật (trước đây chủ yếu nhắc nhở), đồng thời lô hàng bắt buộc phải tái xuất hoặc tiêu hủy, không cho chuyển mục đích sử dụng như trước.

Các tiêu chuẩn để đánh giá lô hàng đạt chất lượng cũng khó khăn hơn trước. Trong đó, tiêu chuẩn vi khuẩn Salmonella phải tuyệt đối không có. Nhưng theo phản ánh của doanh nghiệp, điều này rất khó thực hiện, bởi vì chỉ có thịt nấu chín mới diệt sạch được vi khuẩn này. Hơn nữa, việc kéo dài thời gian chờ đánh giá lô hàng nhất định ảnh hưởng đến chật lượng thịt nhập khẩu. Vướng mắc này ngay cả Cục Thú y cũng không chủ động giải quyết được mà chỉ có thể ghi nhận lại rồi trao đổi sau với Bộ Y tế.

Hơn nữa, mặc dù phải lấy mẫu xét nghiệm cho rất nhiều doanh nghiệp trên phạm vi địa bàn rộng lớn nhưng Thú y vùng VI vẫn chưa có nổi một chiếc xe chuyên dụng đông lạnh để chở mẫu xét nghiệm.

Giám đốc Trung tâm Thú y vùng VI cam kết: “Để tránh tình trạng kéo dài gây thiệt hại cho doanh nghiệp khi phải thuê kho cảng lâu, chúng tôi cam kết chỉ trong 5- 7 ngày (kể từ lúc DN yêu cầu lấy mẫu) sẽ có kết quả xét nghiệm gửi doanh nghiệp, nếu đạt tiêu chuẩn theo quy định sẽ được thông quan".