An Giang có 2 cửa khẩu quốc tế Tịnh Biên và Vĩnh Xương (huyện Tân Châu), 1 cửa khẩu quốc gia Khánh Bình (huyện An Phú) và 9 cặp cửa khẩu phụ. Hoạt động mua bán qua các chợ cửa khẩu và các chợ biên giới nhộn nhịp, chủng loại hàng hóa phong phú, đáp ứng nhu cầu mua sắm hàng ngày của khách hàng. Sôi động nhất vẫn tập trung ở cửa khẩu quốc tế Tịnh Biên và chợ Long Bình (cửa khẩu Khánh Bình). Đáng chú ý là sau những kỳ hội chợ biên giới, hoạt động thương mại tại đây tăng thêm 16 - 18%. Chợ biên giới Quốc Thái xây dựng xong đưa vào hoạt động góp phần đẩy mạnh mua bán của cư dân biên giới. Nhiều đơn vị lữ hành tham gia khai thác các tuyến du lịch này nên lượng khách qua lại biên giới với mục đích du lịch và hoạt động thương mại tăng rất nhanh.

Thực hiện chương trình phát triển kinh tế biên giới giai đoạn 2006 - 2010, các ngành là thành viên chương trình đã thực hiện nhiều công việc hỗ trợ cho hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa qua biên giới thuận lợi. Nằm trong chương trình này, UBND tỉnh ra quyết định công nhận 26 chợ nằm trong khu vực biên giới và khu kinh tế cửa khẩu được hưởng chính sách thương mại biên giới theo Quyết định 254/2006/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ; Chính phủ cũng ban hành “Quy chế hoạt động khu kinh tế cửa khẩu An Giang”. Đây là điều kiện quan trọng thúc đẩy hoạt động xuất nhập khẩu qua biên giới phát triển mạnh.

Các ngành chức năng còn kết hợp với địa phương tổ chức thành công 2 hội chợ biên giới thúc đẩy hàng hóa Việt Nam xuất khẩu mạnh hơn vào thị trường Campuchia; kết nối giữa Hiệp hội thương mại Tà Keo (Campuchia) với các doanh nghiệp trong và ngoài tỉnh hợp tác về thương mại, trước mắt hai bên ký kết mua bán hàng vật liệu xây dựng, sau đó tiếp tục mở rộng một số mặt hàng khác; gắn kết các doanh nghiệp của thành phố Pnômpênh và TP. Hồ Chí Minh nghiên cứu hợp tác đầu tư vào các khu kinh tế cửa khẩu và chọn An Giang là điểm tập kết và phân phối hàng hóa giữa hai nước.

Sở Giao thông Vận tải tập trung gia cố cầu đường, đảm bảo giao thông thông suốt các tuyến ra cửa khẩu, nhất là tuyến Khánh Bình đã xây dựng xong và đưa vào sử dụng cầu Côn Tiên nối bờ Châu Đốc đi cửa khẩu quốc gia Khánh Bình, tạo điều kiện cho việc vận chuyển hàng hóa từ TP. Hồ Chí Minh và các tỉnh khu vực đồng bằng sông Cửu Long ra cửa khẩu Khánh Bình được nhanh chóng, thuận lợi.