Các vùng nuôi tôm và cơ sở nuôi tôm an toàn phải là vùng hạn chế được thấp nhất việc dùng thuốc thú y và hoá chất trong nuôi tôm; tuyệt đối không được sử dụng các loại thuốc thú y, hoá chất và chế phẩm sinh học thuộc danh mục cấm đã được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định; phải có nơi để riêng biệt thức ăn, hoá chất, thuốc phòng trị bệnh, xăng dầu... và không để rò rỉ ra môi trường.
Khi đã được công nhận là cơ sở nuôi tôm an toàn, cơ sở phải duy trì sản phẩm tôm nuôi không có dư lượng các chất bị cấm sử dụng, hàm lượng các chất gây hại như kim loại nặng, hoá chất tẩy trùng, thuốc bảo vệ thực vật, kháng sinh... không vượt quá giới hạn cho phép. Hạn chế đến mức thấp nhất tác nhân làm sản phẩm tôm nuôi bị nhiễm vi sinh vật gây bệnh cho người tiêu dùng.
Trường hợp chưa được cấp Giấy chứng nhận nuôi tôm an toàn nhưng kết quả kiểm tra các chỉ tiêu an toàn vệ sinh thực phẩm của mẫu tôm trong ao nuôi đạt yêu cầu vệ sinh an toàn thực phẩm thì cơ sở nuôi tôm đó được cấp Giấy chứng nhận nguyên liệu tôm đạt tiêu chuẩn an toàn thực phẩm.
Vùng nuôi tôm an toàn được cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, cấp Giấy chứng nhận vùng nuôi tôm an toàn nếu 100% số cơ sở nuôi tôm trong vùng áp dụng GAP (Good Aquaculture Practices), là những quy phạm chuẩn trong nuôi trồng thủy sản hoặc CoC (Code of Conduct for Responsible Aquaculture), là quy tắc ứng xử có trách nhiệm trong nuôi trồng thủy sản, và có từ 80% số cơ sở trở lên đã được cấp Giấy chứng nhận cơ sở nuôi tôm an toàn.